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[Bisulfite] 全基因组甲基化和转录组联合分析

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钵水母

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发表于 2017.4.12 12:07:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我是做水稻的,做了全基因组甲基化测序和转录组测序,要做联合分析,现在遇到的问题是:
转录组数据中,一个基因对应多个转录本,即有多个表达量
甲基化数据,就是1个基因的甲基化值

那我该怎么把两者联系起来呢?是简单粗暴把这个基因的所有转录本的表达量相加?还是选择表达量最高的?那遇到表达量差不多的转录本该怎么选择了呢?

之前看过一篇文章,说是选择major isoform,major isoform怎么选呢?
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活跃会员论坛元老


发表于 2017.4.14 08:10:40 | 显示全部楼层
关注基因水平的表达量,而不不是转录本。
     基因表达量 = 各个可变剪切之和;
新的一天加油!
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钵水母

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 楼主| 发表于 2017.4.14 09:39:21 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2017.4.14 08:10
关注基因水平的表达量,而不不是转录本。
     基因表达量 = 各个可变剪切之和;
...

很有道理哦,谢谢周老师
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钵水母

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发表于 2017.4.14 17:35:43 | 显示全部楼层
周老师一个人就把问题解决了,蓝瘦
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钵水母

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 楼主| 发表于 2017.5.15 14:02:19 | 显示全部楼层
对呀对呀 V587
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