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[动植物重测序] 求问关于vcf-merge 合并时的问题

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  • TA的每日心情

    2017.1.17 20:46
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    [LV.2]偶尔看看I

    草履虫

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    发表于 2017.1.13 17:10:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

    在用vcf-merge 合并多个样本的vcf文件时,得到的结果中如果某一个位点在A中是snp 而在B中不是snp,那么合并文件中B在该位点用“.”表示,而不是真实的碱基,请问如何设置可以让该点显示真实的位点信息,而不是如图中的点。

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    钵水母

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    发表于 2017.3.21 17:31:56 | 显示全部楼层
    没有办法,因为软件(臣妾)做不到啊

    如果按照个体来callsnp就会出现这种问题,是没有reads覆盖还是有reads但跟参考一样
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    草履虫

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    发表于 2017.7.28 17:43:47 | 显示全部楼层
    确实如楼上说的,没有办法,
    而且这个merge以后的格式非常混乱,不方便,建议群call
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