第2期“命令行版Blast2GO的安装使用与演示”【视...

小圆

第2期在线交流“Blast2GO的安装使用与演示”

基迪奥倾情打造“在线交流”栏目，我们将定期邀请重量级嘉宾在QQ群（群号：67185986）与大家交流高通量测序相关问题。第二期我们将邀请2位生物信息分析专家与大家互动交流“Blast2GO”相关问题，解答大家的疑问。

Blast2GO是生物信息学常用工具，是一个非常好用的序列注释和分析工具，正被越来越多的科研工作者使用。

比如近来热门的转录组测序研究，转录组数据往往是一些基因信息未知的物种，那么很多基因功能的研究，都需要我们根据一些已知数据库信息来判断。所以很多科研人员开始尝试用Blast2GO来独立完成一些序列比对、GO注释的工作。
在网络上有关Blast2GO安装使用的教程很多，但无一例外的都是冰冷的文字、命令语言等等。很多网友反应看完教程，“还是不会使用Blast2GO”。

为此，基迪奥特邀资深生物信息分析工程师来跟大家在线交流Blast2GO的问题。嘉宾将图文并茂的与网友细致讨论Blast2GO的安装使用，并且嘉宾将现场演示如何安装、下载数据库、GO注释等等步骤。

大家可以留言说出你想了解的热点、难题，嘉宾会一一解答哦！
交流时间：2015年6月17日（周三）下午4:00-5:30
交流地点：基迪奥生物信息交流群，群号425346734
交流嘉宾：基迪奥系统部主管 罗玥


附件下载：

基迪奥_罗玥

官网有提供旧版的blast2go 2，目前已停止更新，最后一个版本为v2.8。2.8版的主程序无法下载到本地保存了，必须通过网络启动。相比3.x版的好处是完全不需要注册账号（免费，无试用期限制），但同样可以使用本地化的blast2go database。
https://www.blast2go.com/start-blast2go-2-8

另外这里有一个可下载的版本，v2.5。虽然软件版本比较老，但同样可以使用本地化的数据库。适合没有网络或不希望建立网络连接的环境，并且支持纯命令行。
http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip

补充2.5的使用方法，和2.3.5不太一样：
b2gPipe.properties的修改就不多说了，基本上和2.3.5是一样的。

1. 默认的使用方法
首先，cd 到 blast2go.jar 所在的目录（*确保 ext 文件夹在也在这个目录下）。再使用以下命令：
java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim

2. 绝对路径法，前提是目录结构不变
注意：<path-to-jar> 为blast2go.jar所在的绝对路径
java -cp <path-to-jar>/*:<path-to-jar>/ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop <path-to-jar>/b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim
是的，看着不怎么优雅，建议写个shell，把路径存到一个变量里；windows则是写bat。


最后关于结果输出，output-dir可以是绝对路径，但文件夹似乎要事先创建好。output-prefix是所有输出文件的前缀。

小圆

本次在线交流主要内容在此下载：

Blast2GO安装与演示视频观看：

http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=1

suny

zt1989

谢谢 非常有帮助

leo

谢谢 非常有帮助

carlowench

支持

arcsinabc

谢谢分享

新来的

谢谢，分享！

风陵渡口

不错不错

martin1207

小圆，能否个我视频里面老师提供的脚本等附件啊？视频里说在qq群里共享了，我估计是qq1群啊，对于2群的孩子没有这福利啊？谢啦

stoni

谢谢分享

chai1986

开始第二期了

wge

感谢分享

wge

感谢分享

flysky668

very nice！！！

chuankang17

感谢万能的群

y461650833y

这个好 非常实用！

bioinfomics

很有帮助，赞攒

maligang

谢谢分享！

daiwenting

很有用！