首先，标题一定要引人注目。 经常在各大Q群，各大论坛上看到诸如以下问题：
测了转录组，组装出来的Unigenes 缺胳膊短腿，直接没有全长CDS？5端 不全？3端不全？老板让必须克全长怎么办？要做转基因啦，没有CDS全长咋整？实验技术高超的朋友，比如我，直接就上race，分分钟拿到全长CDS，然并卵，条条大路你不走，偏偏要去穿树林？浪费时间不要紧，经费能搞几个试剂盒？我这一剂，帮你省钱，别客气。
1. 打开 TBtools，亦即传说中的 淘宝工具，可以看到随机出现的名人名言，先学习一下
2. 选择‘Blast’->选择‘eGenomeWalking’
3.1 如果之前没有建立数据库，那么点击‘new fastq db’直接从fastq文件开始建数据库，建好的数据库以后都能用
3.2 如果已经有建立好的数据库，或者数据库初始化完毕，那么设置数据库文件，点击‘initialize’，进行初始化。初始化成功，则可以选择相应的数据库。
4. 黏贴用于延伸3端的序列，如果要延伸5端，请使用Sequences Toolkits下面的Sequences manipulator反向互补，随后点击开始
5. 等待运行，随后会弹出选择框，其中第一行对应的是hookSeq 也就是用于抓取的原始序列，第二行及其后对应的是所有比对上的reads，人工选择自己信任的区域，或者区域对应的终点（注意，如果选择区域的终点列比hookSeq结束列前，那么会缩短序列，如果选择的区域和hookSeq有重叠，那么如果选择区域中对应位点最大频次的碱基与hookSeq不同，那么会矫正hookSeq，这个是高级功能，基本不用），点击continue， 则增加的序列或者调整后的序列会替换点原始输入序列，在本例中，是延伸3端
6. 重复这个步骤，直到人工判定不能再延伸或者是不需要延伸即可。如果是要检验结果，则点击Check By Pileup Grapher，则会出现对应的reads覆盖当前序列的图，也可以直接自己到NCBI或者其他工具做序列完整性和可靠性检验
*. 相同的原理，用于转录组测序数据，那么是做e-Race，用于重测序或者基因组测序数据，那么是做e-Tail或者e-GenomeWalking
*. 有朋友提问，对于重复序列怎么办？这个只能靠用户，用户决定什么时候延伸，延伸多少。
搞定... 下地，打扫实验室卫生，写这个教程足足跨越了6个小时。
洗澡，看剧，拜拜
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发表于 2016.8.22 21:09:03
置顶卡
千斤顶
发表于 2016.8.22 21:21:09
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楼主
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