下载已检测完成iTRAQ或者RNA-seq数据怎么做

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我想下载已经检测完成的数据怎么下载，想参考一下他们的检测结果

自在飞

Itrqp和RNA-Seq上传NCBI的都是原始数据，你得自己重新分析，要看他们的检测结果得去看发表的文献。

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自在飞 发表于 2016.1.13 11:45
Itrqp和RNA-Seq上传NCBI的都是原始数据，你得自己从新分析，要看他们的检测结果得去看发表的文献。 ...

原始数据应该是比较丰富的，文章里面的是已经处理的数据，我想这原始数据可能比较好些

496071151

496071151 发表于 2016.1.13 13:49
原始数据应该是比较丰富的，文章里面的是已经处理的数据，我想这原始数据可能比较好些 ...

能不能告诉应该怎么做啊

基迪奥-周煌凯

原始数据从头分析，这个比较复杂。这需要系统的生物信息训练，估计单单文字的回答无法解决你的问题。
1）如果是RNA-seq 数据，你需要学习序列比对、差异分析一系列软件使用，需要学习linux、R语言操作；
2）蛋白分析，一般使用MASCOT。这个软件是收费的，而且一般也是用linux版本的。

以上这些分析，都需要你有生物信息的基础，以及比较好的自学能力。所以，如果要从原始数据开始分析，你有两个选择：
1）花费至少半年时间，学习生物信息分析（如果没有基础）
2）将这样的分析外包给公司。

逗比王尼玛

楼主不要作死去玩原始数据。。。即使你天资聪颖，自学成才，短时间学会了如何分析原始数据，但是你想想，这原始数据的生物学处理、还有时间、组织部位等等与你研究的是否相符呢。。。

自在飞

496071151 发表于 2016.1.13 13:56
能不能告诉应该怎么做啊

你是要下载原始数据自己做分析？

496071151

自在飞 发表于 2016.1.14 15:24
你是要下载原始数据自己做分析？

是也不是，主要是想看看他们的丰富数据，他们处理好的数据可能只是他们关心的数据，也许我关心的跟他不一样呢，或者说其他的数据也许有我想做到的东西

496071151

逗比王尼玛 发表于 2016.1.13 23:38
楼主不要作死去玩原始数据。。。即使你天资聪颖，自学成才，短时间学会了如何分析原始数据，但是你想想，这 ...

我看他的文章就知道怎么做的处理，而且，他所关心的不一定是我关心的，做的qPCR只是依靠数据为基础的，从原始数据可以得到的是不同的通路中表达情况，也许某一个是我个人要关注的

基迪奥—何德飞

你想要的那部分可能拿不到，就像你说的，他们文章中的展示的是他们要讨论的部分，你想看的其他分析完的数据只能找作者了，上传的都是原始数据，当然你可以下载原始数据然后按照作者提供的参数再分析一遍（如果提供了参数的话）。

496071151

基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.14 17:56
你想要的那部分可能拿不到，就像你说的，他们文章中的展示的是他们要讨论的部分，你想看的其他分析完的数据 ...

能不能教我怎么下载

Ivan

下载数据的取样背景很重要，先看看样品的处理和你研究方向是不是一致的吧。分

基迪奥—何德飞

496071151 发表于 2016.1.14 18:03
能不能教我怎么下载

你是要下载原始数据吗？

496071151

基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.25 09:29
你是要下载原始数据吗？

是的，我想看看原始数据

496071151

496071151 发表于 2016.1.25 15:53
是的，我想看看原始数据

教我怎么下载

基迪奥—何德飞

496071151 发表于 2016.1.25 15:55
教我怎么下载

原文中应该有给出下载数据的链接，有FTP2地址的最好，你下载一个ASPERA CONNECT,下载会比较快。

496071151

基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.25 17:00
原文中应该有给出下载数据的链接，有FTP2地址的最好，你下载一个ASPERA CONNECT,下载会比较快。 ...

thank you very much

龙775695645

请问你下载了吗？下载后的分析你学会了吗？我也在做你想的这件事，发现确实有很多问题。

496071151

是一个好的思路，但是却很麻烦的，慢慢搞是可以的，其实我的目的只有想看看除去文章里面差异还有其他的差异，如果是继续分析，没什么必要

daipengbo1988

加油楼主，。