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下载已检测完成iTRAQ或者RNA-seq数据怎么做

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发表于 2016.1.13 10:51:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我想下载已经检测完成的数据怎么下载,想参考一下他们的检测结果
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钵水母

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发表于 2016.1.13 11:45:28 | 显示全部楼层
Itrqp和RNA-Seq上传NCBI的都是原始数据,你得自己重新分析,要看他们的检测结果得去看发表的文献。
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 楼主| 发表于 2016.1.13 13:49:30 | 显示全部楼层
自在飞 发表于 2016.1.13 11:45
Itrqp和RNA-Seq上传NCBI的都是原始数据,你得自己从新分析,要看他们的检测结果得去看发表的文献。 ...

原始数据应该是比较丰富的,文章里面的是已经处理的数据,我想这原始数据可能比较好些
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 楼主| 发表于 2016.1.13 13:56:08 | 显示全部楼层
496071151 发表于 2016.1.13 13:49
原始数据应该是比较丰富的,文章里面的是已经处理的数据,我想这原始数据可能比较好些 ...

能不能告诉应该怎么做啊
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发表于 2016.1.13 14:54:23 | 显示全部楼层
原始数据从头分析,这个比较复杂。这需要系统的生物信息训练,估计单单文字的回答无法解决你的问题。
1)如果是RNA-seq 数据,你需要学习序列比对、差异分析一系列软件使用,需要学习linux、R语言操作;
2)蛋白分析,一般使用MASCOT。这个软件是收费的,而且一般也是用linux版本的。

以上这些分析,都需要你有生物信息的基础,以及比较好的自学能力。所以,如果要从原始数据开始分析,你有两个选择:
1)花费至少半年时间,学习生物信息分析(如果没有基础)
2)将这样的分析外包给公司。
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钵水母

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发表于 2016.1.13 23:38:08 | 显示全部楼层
楼主不要作死去玩原始数据。。。即使你天资聪颖,自学成才,短时间学会了如何分析原始数据,但是你想想,这原始数据的生物学处理、还有时间、组织部位等等与你研究的是否相符呢。。。

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有道理  发表于 2016.1.14 09:33
小孩子不要看爆漫!
荆轲刺秦王。耶!
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:24:32 | 显示全部楼层
496071151 发表于 2016.1.13 13:56
能不能告诉应该怎么做啊

你是要下载原始数据自己做分析?
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 楼主| 发表于 2016.1.14 17:31:48 | 显示全部楼层
自在飞 发表于 2016.1.14 15:24
你是要下载原始数据自己做分析?

是也不是,主要是想看看他们的丰富数据,他们处理好的数据可能只是他们关心的数据,也许我关心的跟他不一样呢,或者说其他的数据也许有我想做到的东西
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 楼主| 发表于 2016.1.14 17:39:34 | 显示全部楼层
逗比王尼玛 发表于 2016.1.13 23:38
楼主不要作死去玩原始数据。。。即使你天资聪颖,自学成才,短时间学会了如何分析原始数据,但是你想想,这 ...

我看他的文章就知道怎么做的处理,而且,他所关心的不一定是我关心的,做的qPCR只是依靠数据为基础的,从原始数据可以得到的是不同的通路中表达情况,也许某一个是我个人要关注的
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钵水母

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发表于 2016.1.14 17:56:23 | 显示全部楼层
你想要的那部分可能拿不到,就像你说的,他们文章中的展示的是他们要讨论的部分,你想看的其他分析完的数据只能找作者了,上传的都是原始数据,当然你可以下载原始数据然后按照作者提供的参数再分析一遍(如果提供了参数的话)。
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 楼主| 发表于 2016.1.14 18:03:28 | 显示全部楼层
基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.14 17:56
你想要的那部分可能拿不到,就像你说的,他们文章中的展示的是他们要讨论的部分,你想看的其他分析完的数据 ...

能不能教我怎么下载
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发表于 2016.1.20 09:30:16 | 显示全部楼层
下载数据的取样背景很重要,先看看样品的处理和你研究方向是不是一致的吧。分
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发表于 2016.1.25 09:29:58 | 显示全部楼层
496071151 发表于 2016.1.14 18:03
能不能教我怎么下载

你是要下载原始数据吗?
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 楼主| 发表于 2016.1.25 15:53:39 | 显示全部楼层
基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.25 09:29
你是要下载原始数据吗?

是的,我想看看原始数据
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 楼主| 发表于 2016.1.25 15:55:03 | 显示全部楼层
496071151 发表于 2016.1.25 15:53
是的,我想看看原始数据

教我怎么下载
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钵水母

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发表于 2016.1.25 17:00:23 | 显示全部楼层

原文中应该有给出下载数据的链接,有FTP2地址的最好,你下载一个ASPERA CONNECT,下载会比较快。
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 楼主| 发表于 2016.1.26 13:57:28 | 显示全部楼层
基迪奥—何德飞 发表于 2016.1.25 17:00
原文中应该有给出下载数据的链接,有FTP2地址的最好,你下载一个ASPERA CONNECT,下载会比较快。 ...

thank you very much
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草履虫

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发表于 2016.2.24 16:16:47 | 显示全部楼层
请问你下载了吗?下载后的分析你学会了吗?我也在做你想的这件事,发现确实有很多问题。
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 楼主| 发表于 2016.2.25 18:51:48 | 显示全部楼层
是一个好的思路,但是却很麻烦的,慢慢搞是可以的,其实我的目的只有想看看除去文章里面差异还有其他的差异,如果是继续分析,没什么必要
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中华鲟

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发表于 2019.12.9 07:45:22 | 显示全部楼层
加油楼主,。
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