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[转录组] 剔除部分不准确数据后,表达量怎么计算

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帝王蝶

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发表于 2016.7.17 14:55:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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手中有一批转录组测序数据,之前分析发现基因组注释不准,而测序结果中有核糖体RNA污染,导致差异基因分析不准,尝试把counts数据中这些基因去除,再进行差异分析,但是表达量要怎么算呢。有counts,基因长度数据等,还需要什么数据呢。

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活跃会员论坛元老


发表于 2016.7.17 15:29:24 | 显示全部楼层
使用RPKM的计算公式,有counts和基因长度,已经足够。(Total counts = 所有基因counts的和)
新的一天加油!
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.7.17 15:37:11 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.7.17 15:29
使用RPKM的计算公式,有counts和基因长度,已经足够。(Total counts = 所有基因counts的和) ...

谢谢,不能算FPKM?
另外,刚才也查了下,似乎能算TPM。
建议算RPKM 还是TPM?
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发表于 2016.7.18 10:11:00 | 显示全部楼层
yang80 发表于 2016.7.17 15:37
谢谢,不能算FPKM?
另外,刚才也查了下,似乎能算TPM。
建议算RPKM 还是TPM? ...

TPM 需要 片段长度信息, FPKM 和TPM 你都算不了。 但三者差别不大,建议还是使用RPKM。
新的一天加油!
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