靶基因问题
问:真菌中预测miRNA比较好的软件有哪些? 答:我们也没有好的方法,mirBase里面都没有,目前也只有在酵母中发现极少数的miRNA
问:小RNA 测序数据初步处理时PDF里给出了两种软件,cutadapt,fastx-toolkit,用哪个比较好还是两个都需要用? 答:两个都可以。
问:在预测新的miRNA时,你们给出的思路是先预测其二级结构再用mireap,这个是专门针对植物还是动物啊,有没有别的可以推啊? 答:没有针对性,这个方法是通用的。
问:miRNA测序结果怎么去掉一些其他的RNA,诸如rRNA,tRNA之类的,我看到有的文献里会展示出来? 答:比对Rfam数据库,比对到的为rRNA或者tRNA,去掉即可。 问:是对RFAM下载到的数据直接BLAST吗? 答:是的。
问:可是我用的Fastx_toolkit之中出问题,去接头的话只能去掉4%的数据,这样是不是出错了? 答:不一定是软件的问题,你先看看你去完接头之后的长度分布,一般动物的峰值在22,植物在21和24,你先看下有没有问题。比如最好画个长度分布,这样验证最准确。如果接头没去干净,峰会右偏;如果接头去过头了,峰会左偏。
问:你能给我看个去接头质量比较好的峰图吗? 答:
问:我看到预测新的miRNA的时候,有的是先预测出来成熟的miRNA序列在预测二级结构,例如MiRDeep-P,这个与cutadapt,fastx-toolkit比较,哪个更好一些? 答:不同的文献有不同的方法,不能确定哪个方法更好,跟你的样本,试验方法等等相关。
问:可是如果不知道用哪个怎么选择呢? 答:基于发卡结构的新micorRNA不管用什么方法预测,假阳性都较高,不用纠结。
问:预测miRNA靶基因最好的方法是多个软件预测去交集对吧,我看到也有好多文献就用一个的,这是怎么回事。不是最好多个软件么? 答:植物不需要用多个软件,因为其作用方式与动物的不一样,本来靶基因就少,取交集就更少了。另外,miranda 、targetscan 等都是针对动物的,最好不要用来预测植物的。
问:可是用一个的话有的miRNA会出现4-5个靶基因,到时候实验验证增大了工作量啊。那这样的话实验验证工作怎么做? 答:如果你为了实验验证量小点,可以取交集,当然这样做会增加假阴性。或者可以查查文献,再选选别的取交集。
问:miRNA植物预测的最好软件是什么,我看到用什么的都有。以及miRNA预测的靶基因做GO分析应该怎么做? 答:没有“最好”。GO分析只有富集分析,下文有具体说明。
问:怎么分析miRNA在其他物种的保守性? 答:和mirbase比对。 问:怎么比对呢? 答:在其他物种中找些保守miRNA,自己研究的物种找些保守的miRNA,blast比对就可以。 问:在什么网址blast,是mibase? 答:推荐你一个简单的工具,mirdeep,你只要有小RNA测序数据,最后保守的novel的都会出来啊。 |