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[转录组] 关于转录组基因表达相关性的分析

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.20 17:12:31 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    想请问一下如果只有两个时间点的转录组数据,可以分析转录组基因趋势分析吗?
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    发表于 2016.6.21 09:29:51 | 显示全部楼层
    趋势 那么表现在画面上的 应该是一条线
    两个时间点的,那么只存在两种情况
    1. 上调,那么就是 斜向上的线
    2. 下调,那么就是 斜向下的线
    做趋势分析,没必要,也基本进行不了

    要减少工作量,直接卡差异倍数和两个样本的最低表达量
    当然你,最好还是多看看文献,直接从注释入手
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  • TA的每日心情
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     楼主| 发表于 2016.6.21 22:03:45 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.21 09:29
    趋势 那么表现在画面上的 应该是一条线
    两个时间点的,那么只存在两种情况
    1. 上调,那么就是 斜向上的线

    因为我对这两个时期的做了一个表达量的曲线图,发现某类基因是基本上都是下调的,而且阅读文献基本上都是三个时间点以上的,所以想问问有没有人做过两个时间点的
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.22 08:22:47 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.6.21 22:03
    因为我对这两个时期的做了一个表达量的曲线图,发现某类基因是基本上都是下调的,而且阅读文献基本上都是 ...

    恩,这个我没见过有。
    你说的趋势分析指的是?

    表达模式聚类?那么直接看的话只有2类,可以人为划分几类,但不一定会被接受
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.22 09:03:48 | 显示全部楼层
    at least 3 groups containing specific time, space, or treatment dose size order
    两个点,做趋势分析的意义在哪里呢?
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     楼主| 发表于 2016.6.22 15:07:55 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.22 08:22
    恩,这个我没见过有。
    你说的趋势分析指的是?

    我想说的是趋势分析是基因表达量的分析,是直接只有两类,一类上调,一类下调,我举个例子,比如我做的两个时间点的数据中的某个基因家族的基因在这两个时间点基本上都是下调的,能不能对这个基因家族在这两个时间点的趋势进行分析
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     楼主| 发表于 2016.6.22 15:10:27 | 显示全部楼层
    luvena 发表于 2016.6.22 09:03
    at least 3 groups containing specific time, space, or treatment dose size order
    两个点,做趋势分析的 ...

    就是有点搞不懂两个时间点的意义,要是有三个时间点以上的当然更好说明问题。我现在的理解就是先确定下某类基因,而且发现它只有一种趋势,上调或者下调,这样不知有没有意义呢?
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    2016.4.28 08:57
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    发表于 2016.6.23 08:55:30 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.6.22 15:10
    就是有点搞不懂两个时间点的意义,要是有三个时间点以上的当然更好说明问题。我现在的理解就是先确定下某 ...

    个人就觉得,两个时间点,只能说明两个时间点相比的变化情况。讲趋势略牵强,处理还是应该更多一点才好
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    发表于 2016.6.23 10:21:50 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.6.22 15:10
    就是有点搞不懂两个时间点的意义,要是有三个时间点以上的当然更好说明问题。我现在的理解就是先确定下某 ...

    你上调下调的话只要差异基因分析就可以发现你要的基因家族是不是都属于上调或者下调了,这跟趋势没有关系的!
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.5.8 16:25:40 | 显示全部楼层
    这个好像2个点的没有太大意义,就一个差异
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