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[软件使用] 【TBtools】在染色体上展示基因的位置

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.20 14:24:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
                   图片中使用到的数据在 链接: http://pan.baidu.com/s/1skWJjmH 密码: p9qd
            其他数据,请自行修改绘图参数

            做实验的同学总和我说,他想在染色体上看看他关注的基因集合都分布在哪个染色体的哪个位置上,
            比如,看看基因家族基因的相对位置,比如关注的通路相关基因在基因组上的位置,
                      也有人拿柑橘的基因放在甜橙基因组上看的。。。
            虽然我不知道这个主要是拿来做什么,但是有需求就值得被满足,
            在只有基因集合序列的情况下,完成这个事情,需要2个步骤
                   1. 进行本地Blast,确定基因位置
                   2. 进行绘图
            ...看起来挺简单的,实际用命令行来操作还是比较繁琐,
            TBtools 提供一个 Gene On Genome 的工具,完成这个事情,
            其中,颜色信息是可选项,可以不提供,那么画黑色,可以提供 “基因ID\t240,100,59”这样格式的列表,那么就会按照指定颜色绘制,也可以提供log2fc信息,正值红色,负值绿色
            上一个动图


    工具下载地址:http://www.omicshare.com/forum/thread-1062-1-1.html

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     楼主| 发表于 2016.6.23 10:23:29 | 显示全部楼层
    shucanwei 发表于 2016.6.23 09:22
    再请问一下,我下载了最新的版本,看了好久,都没有看到数据共享的提示在哪里?
    可否再说明一下,谢谢老 ...

    图片中使用到的数据在 链接: http://pan.baidu.com/s/1skWJjmH 密码: p9qd
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.20 14:53:59 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.20 16:29:41 | 显示全部楼层
    牛逼啊
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  • TA的每日心情

    2016.6.21 08:49
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    发表于 2016.6.21 08:47:18 | 显示全部楼层
    好厉害,真是易懂
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  • TA的每日心情

    2017.10.18 18:03
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    发表于 2016.6.22 20:25:34 | 显示全部楼层
    请问一下这个subject seqs就是全基因组的序列吗?
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  • TA的每日心情

    2017.10.18 18:03
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    发表于 2016.6.22 20:44:08 | 显示全部楼层
    版主哦,您发帖子时,可否把那几个数据模板一起发一下啊?我们可以试着练习一下。
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  • TA的每日心情
    忙~
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     楼主| 发表于 2016.6.22 22:18:16 | 显示全部楼层
    shucanwei 发表于 2016.6.22 20:25
    请问一下这个subject seqs就是全基因组的序列吗?

    可以
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  • TA的每日心情
    忙~
    2018.5.15 08:35
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     楼主| 发表于 2016.6.22 22:38:28 | 显示全部楼层
    shucanwei 发表于 2016.6.22 20:44
    版主哦,您发帖子时,可否把那几个数据模板一起发一下啊?我们可以试着练习一下。 ...

    这个实例 的数据已经共享,请使用最新版的TBtools,打开软件会提示更新
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    yes!
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    发表于 2016.6.22 23:44:12 | 显示全部楼层
    按着动态图操作,但是图片出不来啊,楼主,这是咋回事啦?
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     楼主| 发表于 2016.6.23 07:32:01 | 显示全部楼层
    黄文龙 发表于 2016.6.22 23:44
    按着动态图操作,但是图片出不来啊,楼主,这是咋回事啦?

    下载最新版,确保blast在环境中
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.23 08:48:08 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.22 22:38
    这个实例 的数据已经共享,请使用最新版的TBtools,打开软件会提示更新

    谢谢回复。
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  • TA的每日心情

    2017.10.18 18:03
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    发表于 2016.6.23 09:22:46 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.22 22:38
    这个实例 的数据已经共享,请使用最新版的TBtools,打开软件会提示更新

    再请问一下,我下载了最新的版本,看了好久,都没有看到数据共享的提示在哪里?
    可否再说明一下,谢谢老师。
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  • TA的每日心情

    2016.9.18 16:29
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    发表于 2016.6.23 11:08:39 | 显示全部楼层
    running以后没有结果出来是怎么回事?
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  • TA的每日心情

    2017.10.18 18:03
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    发表于 2016.6.23 11:09:56 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.23 10:23
    图片中使用到的数据在 链接: http://pan.baidu.com/s/1skWJjmH 密码: p9qd

    谢谢。
    我们用这些模板来练习一下。
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  • TA的每日心情

    2019.9.9 10:43
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    发表于 2016.6.23 17:17:29 | 显示全部楼层
    好文
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  • TA的每日心情

    2017.10.12 13:11
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    发表于 2016.6.24 08:48:03 | 显示全部楼层
    thx
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    发表于 2016.6.24 09:33:52 | 显示全部楼层
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    挺好的!
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