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[软件使用] 【TBtools】 批量提取Fasta序列

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  • TA的每日心情
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    2018.5.15 08:35
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    发表于 2016.6.20 13:34:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
       关注高通量数据后期验证或者利用的同学,最常见需要,必然是 批量提取Fasta序列,   如果是编程基础的同学,一个命令就可以解决序列提取问题,如
    [Bash shell] 纯文本查看 复制代码
    perl -lne 'if($switch){if(/^>/){$flag=0;m/^>?(\S+).*?$/;$flag=1 if $need{$1};}print if $flag}else{m/^>?(\S+).*?$/;$need{$1}++}$switch=1 if eof(ARGV)' Clean.ids Unigenes.fasta

       但是针对对命令行操作不熟悉,或者经常要调取序列的同学来说,界面操作更是方便。

       针对这个需要,TBtools提供了 FastaExtracter, 你需要有的文件是:

            1. 基因序列集合(Fasta格式),直接拖进去文本框就可以了
            2. 需要提取的基因ID 列表,可以直接黏贴 也可以直接拖一个ID 列表文件进去对应的文本框
            3. 设置输出文件,路径的获取可以直接拖一个文件或者一个文件夹进去,直接获取输出文件夹,随后自行补充输出文件名即可

            说着复杂,做起来简单,上一个 30秒的动图

    工具下载地址:http://www.omicshare.com/forum/thread-1062-1-1.html

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    1 小时前
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    发表于 2016.6.21 19:53:15 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.21 22:35:22 | 显示全部楼层
    这个 很方便 感谢分享
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.22 14:09:49 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

    2016.12.24 23:14
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    发表于 2016.12.27 13:03:59 | 显示全部楼层
    感动感动!!
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  • TA的每日心情
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    2018.5.15 08:35
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     楼主| 发表于 2016.12.28 11:22:44 | 显示全部楼层

    现在这个功能已经更新了很多了
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  • TA的每日心情

    2016.12.24 23:14
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    发表于 2016.12.28 20:09:23 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.12.28 11:22
    现在这个功能已经更新了很多了

    太好了,努力学习中!
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.12.29 08:31:22 | 显示全部楼层
    十分感谢 还在努力学习 你这是神助攻啊 感恩
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  • TA的每日心情

    2017.2.22 12:41
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    发表于 2016.12.29 12:30:18 | 显示全部楼层
    感谢大神分享
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  • TA的每日心情

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    发表于 2017.4.23 21:37:21 | 显示全部楼层
    这个提取的目标文件有大小限制吗?

    我的目标文件183Mb,不行
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  • TA的每日心情
    忙~
    2018.5.15 08:35
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     楼主| 发表于 2017.4.23 23:15:56 | 显示全部楼层
    wang 发表于 2017.4.23 21:37
    这个提取的目标文件有大小限制吗?

    我的目标文件183Mb,不行

    16G的基因组都试过啦,没问题,
    你用 Amazing Fasta Extracter 吧,
    这个工具已经是早期版本的小工具了
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    发表于 2017.5.8 22:27:05 | 显示全部楼层

    学习中,谢谢分享!
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  • TA的每日心情
    好棒
    2018.4.26 16:57
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    发表于 2017.7.5 23:09:40 | 显示全部楼层
    正需要这个功能,感谢楼主啊!
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  • TA的每日心情
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    昨天 15:57
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    发表于 2018.5.23 16:02:18 | 显示全部楼层
    如此简介,相见恨晚!
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    发表于 2018.5.29 18:09:37 | 显示全部楼层
    不错不错 赞一个
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.5.31 09:21:58 | 显示全部楼层
    这个工具只有图形化界面?有linux版本的吗
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     楼主| 发表于 2018.6.4 07:34:55 | 显示全部楼层
    elaine2017 发表于 2018.5.31 09:21
    这个工具只有图形化界面?有linux版本的吗

    这个软件,同时具有图形界面和命令行模式。。虽然linux下也可以用界面。不过我基本上主要是用命令行,如果在linux下的话。
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  • TA的每日心情

    2018.11.1 11:14
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    发表于 2018.6.4 15:19:28 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2018.6.4 07:34
    这个软件,同时具有图形界面和命令行模式。。虽然linux下也可以用界面。不过我基本上主要是用命令行,如 ...

    谢谢,我去搜了一下,咋没找到命令行的下载地址,这个工具打包成了python库?
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     楼主| 发表于 2018.6.4 22:56:52 | 显示全部楼层
    elaine2017 发表于 2018.6.4 15:19
    谢谢,我去搜了一下,咋没找到命令行的下载地址,这个工具打包成了python库? ...

    你下载的TBtools_JRE.jar 就是 命令行版本 , 本身一个Jar文件就包括了 界面和命令行。具体打开方式
    java -jar TBtools_JRE.jar anythingasdasde

    在输出的工具列表中就有用法

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