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[转录组] 转录组分析没有参考基因组怎么解决

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草履虫

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发表于 2021.11.26 21:57:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
5奥币
转录组分析没有参考基因组怎么解决?
可以拼接不,那后续的分析和有参转录本是否一样?
另外转录本定量是什么,能否解决无参转录本分析?
谢谢!!!


不要难过
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发表于 2021.11.27 16:43:33 | 显示全部楼层
无参考基因组也可以做转录组分析,比如使用参考转录组,详情可咨询基迪奥技术人员
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帝王蝶

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发表于 2021.11.28 16:10:11 | 显示全部楼层
没有参考基因组也是很奇怪,不过你最后分析的是组内的差异,也是一个相对表达量的区别,和有没有参考转录组没多大关系
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帝王蝶

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发表于 2021.12.1 21:22:19 | 显示全部楼层
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帝王蝶

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发表于 2021.12.5 19:58:48 | 显示全部楼层
可以像PCR那样通过对比得到
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帝王蝶

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发表于 2022.5.15 21:40:57 | 显示全部楼层
无参转录组多了去了,有钱可以做个三代全长转录组,以之当做参考,做有参分析;如果条件不允许,做无参也行,用Trinity拼接,用bowtie2比对,用RSEM统计每条转录本有多少个read比对上了。拿到counts后,有参无参就一样了。
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迅猛龙

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发表于 2022.6.11 22:23:19 | 显示全部楼层
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草履虫

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发表于 2022.11.7 14:09:33 | 显示全部楼层
请问 转录组分析时比如我有 水稻的对照数据 和 稻瘟菌侵染水稻的实验数据 但是我想得到稻瘟菌的差异表达基因怎么做呢 ,没有稻瘟菌侵染前的数据
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迅猛龙

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发表于 2022.11.12 22:17:36 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2022.11.29 11:55:35 | 显示全部楼层
可以进行无参转录组分析,先进行trinity组装
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版主

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发表于 2022.12.23 14:28:16 | 显示全部楼层
yy549159265 发表于 2022.11.7 14:09
请问 转录组分析时比如我有 水稻的对照数据 和 稻瘟菌侵染水稻的实验数据 但是我想得到稻瘟菌的差异表达基 ...

2个参考序列合在一起分析
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