转录组分析没有参考基因组怎么解决

一只小细胞 · 发表于 2021.11.26 21:57:24

转录组分析没有参考基因组怎么解决？
可以拼接不，那后续的分析和有参转录本是否一样？
另外转录本定量是什么，能否解决无参转录本分析？
谢谢！！！

莫北 · 发表于 2021.11.27 16:43:33

无参考基因组也可以做转录组分析，比如使用参考转录组，详情可咨询基迪奥技术人员

辣椒油 · 发表于 2021.11.28 16:10:11

没有参考基因组也是很奇怪，不过你最后分析的是组内的差异，也是一个相对表达量的区别，和有没有参考转录组没多大关系

辣椒油 · 发表于 2021.12.1 21:22:19

111111111111

辣椒油 · 发表于 2021.12.5 19:58:48

可以像PCR那样通过对比得到

一茶道人 · 发表于 2022.5.15 21:40:57

无参转录组多了去了，有钱可以做个三代全长转录组，以之当做参考，做有参分析；如果条件不允许，做无参也行，用Trinity拼接，用bowtie2比对，用RSEM统计每条转录本有多少个read比对上了。拿到counts后，有参无参就一样了。

yyn1996 · 发表于 2022.6.11 22:23:19

yy549159265 · 发表于 2022.11.7 14:09:33

请问转录组分析时比如我有水稻的对照数据和稻瘟菌侵染水稻的实验数据但是我想得到稻瘟菌的差异表达基因怎么做呢，没有稻瘟菌侵染前的数据

yyn1996 · 发表于 2022.11.12 22:17:36

浅海呆鱼 · 发表于 2022.11.29 11:55:35

可以进行无参转录组分析，先进行trinity组装

Ivan · 发表于 2022.12.23 14:28:16

yy549159265 发表于 2022.11.7 14:09
请问转录组分析时比如我有水稻的对照数据和稻瘟菌侵染水稻的实验数据但是我想得到稻瘟菌的差异表达基 ...

2个参考序列合在一起分析

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