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[动植物重测序] SNP+indel的曼哈顿图制作问题

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帝王蝶

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发表于 2021.7.27 19:08:18 | 显示全部楼层 |阅读模式

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有个问题想问下大家。现在我要做一个SNP+indel的局部曼哈顿图+LD block图,我已经做出来了有结果,但是我不确定我做的步骤是不是对的,想和各位探讨一下。我的步骤是这样的。
1.将snp+indel的数据merge起来并质控,然后筛选指定染色体区域(vcf文件只包含了9号染色体的70KB区域)的遗传变异信息;
2.将上述筛选后的vcf文件用plink和tassel获得Q文件和K文件
3.混合线性模型运行脚本,得到曼哈顿图的结果
这样做可以吗?还是说要用全基因组的vcf文件去做?
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钵水母

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发表于 2021.7.27 19:39:04 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2021.7.27 19:39:41 | 显示全部楼层
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迅猛龙

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发表于 2021.7.28 09:36:29 | 显示全部楼层
帮你顶一下
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钵水母

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发表于 2021.7.28 15:04:17 | 显示全部楼层
难受香菇
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钵水母

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发表于 2021.7.29 08:43:05 | 显示全部楼层
哈哈哈哈
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帝王蝶

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发表于 2021.11.27 16:30:23 | 显示全部楼层
加油
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钵水母

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发表于 2021.12.8 12:17:31 | 显示全部楼层
顶一下,我也有类似的问题,难顶
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钵水母

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发表于 昨天 10:41 | 显示全部楼层
欧克
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