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第17期在线交流基因组浏览器(IGV)使用教程【视频】

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    发表于 2016.5.10 18:37:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
    第17期OmicShare课堂 基因组浏览器(IGV)使用教程

    IGV是用于基因组中各类数据的整合可视化,非常适合NGS的一款软件。IGV为Java软件,可以桌面使用,也可命令行运行;

    并且可以满足不同类型的研究的需求,便于查看各种类型的现成的数据,如TCGA数据库,Epigenetic & lincRNA studies、1000 Genomes Project、个人的研究项目等。




    本次在线交流我们围绕IGV的使用重点介绍以下内容:

    1)软件介绍与安装启动
    2)数据导入与文件格式介绍
    3)IGVTools介绍
    4)数据练习



    交流时间:2016年5月18日 下午16:00-18:00
    交流嘉宾:周老师
    PPT下载:


    IGV使用教程案例数据:http://pan.baidu.com/s/1hs34Kja  密码:i64z

    IGV软件下载:http://pan.baidu.com/s/1gfEwiI3  密码:j0v1  

    注:本次在线交流我们已经提前录制了视频,大家在1楼观看,观看后我们在5.18集中线上答疑。

    在线交流报名:https://ke.qq.com/course/132561


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     楼主| 发表于 2016.5.10 18:50:06 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2016.5.10 18:50:19 | 显示全部楼层
    小圆占楼 此处放问答整理
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    发表于 2016.5.10 19:14:08 | 显示全部楼层
    期待更新,,
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.10 21:41:11 | 显示全部楼层
    预习一下
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.11 07:41:06 | 显示全部楼层
    只是针对基因组的可视化?还是无参的转录组数据,也可以展示?
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.11 07:58:53 来自手机 | 显示全部楼层
    期待中,
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    发表于 2016.5.11 12:11:21 | 显示全部楼层
    纯属个人建议啊,感觉这些讲座的时间都是安排在下午4点左右,一般这个点我们实验也还没结束,能不能都调整到晚上8点开始,一般我们晚上时间都是坐下来看看文献啊,写写东西这些
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  • TA的每日心情
    忙~
    2019.7.22 17:21
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     楼主| 发表于 2016.5.11 14:17:17 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.5.11 12:11
    纯属个人建议啊,感觉这些讲座的时间都是安排在下午4点左右,一般这个点我们实验也还没结束,能不能都调整 ...

    我们试过晚上啊, 但是晚上明显比白天人少啊,大家貌似都各自high了
    事在人为~
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  • TA的每日心情

    2018.2.9 08:18
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    发表于 2016.5.11 20:59:39 | 显示全部楼层
    先预习下下
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.12 08:48:23 | 显示全部楼层
    下载了怎能不回复,不点赞呢

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    昨天服务器出了写问题。  发表于 2016.5.13 08:33
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  • TA的每日心情

    2016.12.26 15:24
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    发表于 2016.5.12 15:16:59 | 显示全部楼层
    顶!虽然还不知道要用这个做神马,但是范儿要足!
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  • TA的每日心情
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    2019.3.25 20:20
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    发表于 2016.5.12 16:51:28 | 显示全部楼层
    希望能长久搞下去,Omicshare越办越好,内容越来越丰富
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    该用户从未签到

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    发表于 2016.5.12 22:33:15 | 显示全部楼层
    PPT怎么不能下载,老是显示错误

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    昨天服务器不稳定,现在可以了。  发表于 2016.5.13 08:34
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    灌水之王


    发表于 2016.5.13 12:01:04 | 显示全部楼层
    准备观看
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.13 13:03:24 | 显示全部楼层
    感觉视频没录完的感觉啊。。。。。

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    是出现内容缺失,我们疏忽了,正在重新上传视频。  发表于 2016.5.14 00:32
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    发表于 2016.5.13 14:15:14 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.5.13 20:14:40 | 显示全部楼层
    赞一个,不能按时线上交流每次看视频啊
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.13 20:50:34 | 显示全部楼层
    yuhang 发表于 2016.5.13 20:14
    赞一个,不能按时线上交流每次看视频啊

    感觉没有录完啊,只有32min。。。。。

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    是出现内容缺失,我们疏忽了,正在重新上传视频。  发表于 2016.5.14 00:32
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    发表于 2016.5.16 21:50:17 | 显示全部楼层
    刚学习完了    ,感觉很好。赞一下,但是问题来了  我想问下,视频里讲到的有参转录数据  bam文件  甲基化数据,gff文件,同时展示出来了,我想知道这里的甲基化数据是如何得到的?是和转录组一样测得?还是用转录组数据分析得到的?

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    是BS测序的数据。  发表于 2016.5.16 23:06
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