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[转录组] WGCNA模块太多怎么办?

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    发表于 2019.10.11 22:20:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
    WGCNA分析中(原始数据61000多个基因,处理掉7000多个缺失基因,最后保留53000多基因进行下一步分析),我在用一步法网络构建时模块太多:
    1)第一次分析,按照默认参数分析的结果有96个模块
    2)第二次分析,调整了参数,mergeCutHeight = 0.5,分析出的模块依然有71个,还是很多

    我不敢再继续调整mergeCutHeight的数值了,怕结果不可信,现在我该解决这个问题?




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    发表于 2019.10.12 09:00:43 | 显示全部楼层
    maxblocksize可以设置大一点(例如40000),minmodulesize设置50,试试。
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    发表于 2019.10.12 09:13:42 | 显示全部楼层
    我认为你还可以过滤掉一些基因。把低丰度的,或变异系数小的去掉。
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     楼主| 发表于 2019.10.12 09:16:15 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2019.10.12 09:13
    我认为你还可以过滤掉一些基因。把低丰度的,或变异系数小的去掉。

    请问有相关链接吗?想学习一下
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    发表于 2019.10.18 11:04:13 | 显示全部楼层
    你这个是多倍体的物种吗?基因数目这么多的
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     楼主| 发表于 2019.10.19 13:38:33 | 显示全部楼层
    Ivan 发表于 2019.10.18 11:04
    你这个是多倍体的物种吗?基因数目这么多的

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