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[转录组] 两组差异基因上调和下调的分别go和kegg,还是合在一起,.....

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帝王蝶

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发表于 2019.9.25 20:42:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

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比如实验和对照组,300个上调,400个下调,是700个一起go和kegg,还是分开呢,谢谢。
新的一天加油!
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版主

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发表于 2019.9.26 10:02:04 | 显示全部楼层
看你自己的目的。只关注上调或者下图基因的功能,就分开做,没啥特殊目的就一起做。或者你可以一起做,然后看你感兴趣的通路里,是上调基因主导还是下调基因主导。
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中华鲟

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发表于 2019.10.30 20:14:48 | 显示全部楼层
学习一下!
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钵水母

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发表于 2019.11.21 15:52:17 | 显示全部楼层
同问,比较的组别比较多 感觉分开有点乱
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钵水母

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发表于 2019.11.25 13:56:16 | 显示全部楼层
是啊,有四个比较组 更愁
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钵水母

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发表于 2019.11.27 16:05:59 | 显示全部楼层
多个组如何处理?请教一下
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迅猛龙

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发表于 2021.1.13 09:01:59 | 显示全部楼层
加油,加油!
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钵水母

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发表于 2021.4.17 16:43:10 | 显示全部楼层
遇到了同样的问题
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钵水母

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发表于 2021.5.14 17:54:38 | 显示全部楼层
转录组数据的分析主要是为了解释与表型相关或感兴趣的生物学问题,单就上调也好,单就下调也罢,或是上下调兼顾,主要是有无显著的规律或是清晰的思路。一般来说GO可以看上调基因和下调基因的富集生物学功能差异,是否与你的生物学问题有关,可以进一步挖掘这些基因进行后续分析,而KEGG可以兼顾上下调基因看整体或某一局部趋势明显的途径,然后检索文献是否与你的问题相关。但这些仅仅都只是猜测,要想有一个不错的结果,还需要将这些结果联系起来回答你的问题。也不能花太多的时间纠结GO与KEGG富集结果,更多的应该是围绕你感兴趣的问题即便你感兴趣的通路在KEGG里不显著,你也要关注那些与生物学问题相关的基因家族或者某一类功能基因
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