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[软件使用] 不会R语言也能做PCA加“小圈圈”?

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    发表于 2019.1.28 09:23:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
    上周推出的《R语言给PCA加个小圈圈》非常受欢迎,可是,如果不会R语言那么如何做PCA加“小圈圈”呢?
    其实之前的《Origin 也能做主成分分析?》一文中已经介绍过,只不过因为分组的样本数太少(只有3个),添加“置信椭圆”后图表显示效果并不好,所以并没有详细介绍。 今天换一个样本数多一点的数据,为大家重点介绍如何用Origin添加置信椭圆,并对置信椭圆进行个性化的调整美化。

    数据准备

    本文所用的数据是来自R语言自带的iris(鸢尾花)数据,数据导出为Excel文档的方法参考《R如何直接读取Excel表格数据?》一文。打开Origin,通过File导入外部Excel数据,方法如下。



    导入数据后是这样子的,可视作3个分组(Species),每组50个“样本”,共150个。每个样本4个指标:花萼、花瓣的长和宽,我们接下来对这4个指标做降维处理(PCA)。



    如果完全不想碰R语言,Origin其实也自带iris(鸢尾花)数据,在Help菜单下进入Learning Center,找到3D散点图加置信区间的范例,如下图,双击即可打开其工程文件,数据一模一样。


    分析作图

    点窗口右侧的Apps,在弹出的窗口中单击今天要用的PCA插件,如下图。如果找不到Apps窗口,可通过View菜单(快捷键:Alt+9)打开。



    然后选择输入数据(Input data),选择后4列数据,Observations选择no列数据,Group选择Species列数据;Settings选项下将主成分个数改为3个。



    最重要的一点是注意勾选Biplot和Show confidence Ellipse,其他选项保持默认就好,点OK按钮完成分析和作图。



    双击Score Plot中的图表放大图表,然后就可以对图表进行个性化调整。当然你也可以导出PCA Result1和Plot Date1,用自己喜欢的软件作图。



    类似于调整散点的形状、颜色、大小,透明度等,双击这些椭圆也可以调整这些置信椭圆的颜色,线的类型、粗细等,如下图。



    调整后的效果如下:



    当然也可以通过勾选Fill Area Under Curve,在置信椭圆内填充颜色。



    同样,也可以改变填充颜色的配色和不透明度等,如下图。



    调整后的效果如下:



    如果不想要中间的十字参考线,也可双击坐标轴,在Grids选项卡下取消垂直和水平的Additional Lines的勾选,如下图。


    没有十字线效果如下:


    我个人更喜欢有“十字线”的效果,我这里改为添加“蓝色”的参考线,而且改用虚线,这样使“十字”的割裂感没那么强,最终的效果如下:


    APP安装

    Origin的强大之处在于具有很多官方的拓展工具(Apps),安装方法与之前介绍的Google Map Import、Heat Map Dendrogram等一样,只要将.opx的文件拖拽到打开的Origin界面即可完成安装。

    本文用到的PCAC.opx插件和示例数据已经上传到论坛, 戳这里 可查看下载。当然,之前安装过PCAC.opx插件就没必要再安装一遍了。
    而且PCAC.opx插件适用于Origin 2017、Origin 2018和Origin 2019三个版本,本文的图片其实来自这三个软件的截图,不知道你发现没? 当然如果对Origin作图比较感兴趣,也可以到OmicShare课堂去进行系统学习,今天的内容就到这里啦~

    本文作者:基迪奥莫北      


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    发表于 2019.1.28 09:41:23 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2019.1.28 09:54:16 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.1.28 10:06:56 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2019.1.28 10:09:22 | 显示全部楼层

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