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[ChIP-seq] 【求助】Chip-seq文献图片理解

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发表于 2016.4.21 09:23:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好:
           我在看一篇文献时(FASCIATED EAR4 Encodes a bZIP Transcription Factor That
Regulates Shoot Meristem Size in Maize)遇到了困难,文献中的Chip-seq的图我看不懂,还望哪位帮忙解释下,谢谢了。




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钵水母

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发表于 2016.4.21 09:30:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 流川枫! 于 2016.4.21 09:31 编辑

楼主,你这个问题太泛,不好回答。你可以先说出你对这个图的理解,或者不理解之处,
谁还不是个宝宝
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 楼主| 发表于 2016.4.21 09:33:27 | 显示全部楼层
流川枫! 发表于 2016.4.21 09:30
楼主,你这个问题太泛,不好回答。你可以先说出你对这个图的理解,或者不理解之处,
...

首先谢谢你的回答,我是新手,我只看到有两个生物学重复,其他的就不懂了
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发表于 2016.4.21 16:13:45 | 显示全部楼层
A图是做了两次重复,取交集的实验。
B图说明CHIPSEQUCE,说明抗体捕捉的染色体的部位,是外显子,内含子还是promoter或者其他位点,用数据分析可能分析出来。
C是用IGV做的方图值,这个图箭头代表基因转录方向。粗方框代表外显子,细线代表内含子。最左边是promoter,promoter前面2500BP左右有个启动子,这时有个峰值,代表蛋白可以和启动子结合,在C图中没什么差异。这是做了两个重复,在植物可以有,动物里面做ChIP是不做重复的。
D图是两个抗体做CHIP,FEA4和KN1做CHIP-SEQUNCE数据,捕捉它的基因,发现他俩有共同结合在一起调控的区域是1848个基因。
E图是这个基因的上游,上游一般是增强子区域,这两个抗体都能和增强子区域结合,推测FEA4和KN1可以有个共同 IP区域,他俩能结合在一起,我的理解是他俩之间可能会有这个倾向。
F图应该是一个部体描述,FEA4和KN1分别分布在哪个区域,他俩之间应该是有个重合吧。应该是这么一个实验吧,我的理解啊。


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 楼主| 发表于 2016.4.21 17:36:12 | 显示全部楼层
小瑶 发表于 2016.4.21 16:13
A图是做了两次重复,取交集的实验。
B图说明CHIPSEQUCE,说明抗体捕捉的染色体的部位,是外显子,内含子还 ...

谢谢你,小瑶
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钵水母

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发表于 2016.4.21 18:17:52 | 显示全部楼层
楼上描述的真不错
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钵水母

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发表于 2021.10.17 20:09:36 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2021.11.18 15:01:30 | 显示全部楼层
谢谢
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