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[Bisulfite] 单细胞全基因组甲基化分析方法

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钵水母

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发表于 2018.10.29 18:09:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
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最近在做单细胞WGBS,是一个细胞,不是微量细胞。不知道和常规的WGBS分析方法有区别吗?比对用的BSMAP,已知mapping时跟常规不一样的地方是:每条read都是4个方向(BSW(++) 、 BSC(-+)、BSWR (+-)、BSCR(--))都要比对。求教各路大神,还有没有其他方法上的差异??尤其是基础分析部分。跪谢!


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按照非链特异性方式进行双端比对,单细胞建库会有大量嵌合测序读段 故比对率很低 60%就很好了 老铁 未比对的单端数据再次比对 以挽救更多的比对数据 后分别进行mC calling 合并
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    发表于 2018.10.29 18:09:53 | 显示全部楼层
    按照非链特异性方式进行双端比对,单细胞建库会有大量嵌合测序读段 故比对率很低 60%就很好了 老铁

    未比对的单端数据再次比对  以挽救更多的比对数据

    后分别进行mC calling 合并
    ****
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  • TA的每日心情
    yes!
    2019.1.17 08:59
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    发表于 2018.10.30 15:45:33 | 显示全部楼层
    坐等!!!!
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  • TA的每日心情
    no
    2019.3.21 11:36
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    发表于 2018.11.13 11:39:45 | 显示全部楼层
    同求
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    该用户从未签到

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     楼主| 发表于 2019.2.27 10:31:39 | 显示全部楼层
    多谢!我还有一个问题,后续分析选择覆盖度不小于几的CG位点呢?组织的甲基化数据因为不同细胞甲基化状态不一样,所以我们一般选择覆盖度大于等于5 的位点,单细胞理论上甲基化状态只有0或1,但又会因为存在测序错误等原因导致一些位点甲基化率介于0-1之间。所以单细胞应该如何选择CG覆盖度呢?
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    发表于 2019.6.13 14:43:08 | 显示全部楼层
    Chanel 发表于 2019.2.26 16:31
    多谢!我还有一个问题,后续分析选择覆盖度不小于几的CG位点呢?组织的甲基化数据因为不同细胞甲基化状态不 ...

    单细胞  3x  有大量的文献支撑

    甲基化水平≤0.1的认为是非甲基化的
    而≥0.9的cytosine认为是甲基化的C
    ****
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