IGV中如何同时显示正负链的比对结果

zlbiochem

我在用IGV进行可视化的时候，导入bam后每个样品只能显示一条链的信息，如何能让一个样品的正负链同时显示出来呢？谢谢！

xndless

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.11 02:05
bam文件导入后，
(1)右键点击界面最左边得到图标，然后“group alignment by” → “first in paired stran ...

请问老师，对IGV的版本有要求吗？我的为啥没看到相关选项呢？

yulin

周老师的回答还精辟啊

朱强龙

路过，随便学习一下

doctor125

不错不错，学习了

基迪奥-周煌凯

zlbiochem 发表于 2016.4.11 09:14
多谢周师傅！还有个问题，我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化，他每个样品的bed文件分为正链和负 ...

如果区分正负链，建议使用 IGV格式（是文件格式，不是软件）。 IGV官方网站有这个格式的说明，这个文件上为负值的部分，自然被显示为负链。

zlbiochem

多谢周师傅！还有个问题，我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化，他每个样品的bed文件分为正链和负链2个，请问一下如何得到这样的bed文件呢？是从一个bam里面分开的，还是有什么其他方法？谢谢！

基迪奥-周煌凯

bam文件导入后，
(1)右键点击界面最左边得到图标，然后“group alignment by” → “first in paired strand”
(2) 然后 “color alignment by ” →  “first in paired strand”

效果图如下：


by the way， TDF文件 如果使用IGV转化 无法按照链特异显示。你必须用其他软件，例如 genomeview的1个插件 来 将sam/bam转化为TDF，然后可以使用 genomeview 按照链特异显示。