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[ChIP-seq] 这种基因启动子区域甲基化图怎么看

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钵水母

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发表于 2018.3.20 10:39:03 | 显示全部楼层 |阅读模式

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替实验室同学问个问题,求助论坛牛人,这种启动子甲基化图怎么看啊,求大神科普。




有人见过这个图吗,表示基因启动子区域甲基化情况的,是什么意思啊,文献上也没有什么解释。




谁还不是个宝宝
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帝王蝶

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发表于 2018.3.21 08:52:22 | 显示全部楼层
刚好看到一篇文章中有这个图:

每个点代表CpG二核苷酸,空心的点表示没有甲基化,黑色的点代表甲基化。这个图表示P1-P3基因在成年牛(AB)高甲基化,而P4-P6基因在胎儿(FB)中高甲基化。
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钵水母

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发表于 2018.3.21 14:01:19 | 显示全部楼层
厉害了,老铁!!!
too late
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钵水母

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发表于 2018.5.2 12:04:30 | 显示全部楼层
这个图业内人士称为“糖葫芦”,黑色实心圈代表这个位置是甲基化的C,白色实心圈代表这个位点是没有甲基化的C,每一行代表一条DNA序列,每一列代表这条DNA序列上的C
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钵水母

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发表于 2018.6.5 16:15:57 | 显示全部楼层
junma123456789 发表于 2018.5.2 12:04
这个图业内人士称为“糖葫芦”,黑色实心圈代表这个位置是甲基化的C,白色实心圈代表这个位点是没有甲基化 ...

请问下:这张图上的数字是什么意思呢?如果是CpG位点相对于TSS的相对位置的话,一个基因会有这么多DNA片段距离TSS的相对位置类似嘛?

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帝王蝶

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发表于 2018.8.3 23:21:26 | 显示全部楼层
这个是我们实验室常用的,,亚硫酸盐处理,设计引物,pcr扩增,测序。黑色为甲基化,白色圈圈为非甲基化。
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2021.2.27 14:56:36 | 显示全部楼层
junma123456789 发表于 2018.5.2 12:04
这个图业内人士称为“糖葫芦”,黑色实心圈代表这个位置是甲基化的C,白色实心圈代表这个位点是没有甲基化 ...

学到了
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草履虫

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发表于 2021.7.9 17:20:39 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2021.9.13 10:47:55 | 显示全部楼层
不懂,不懂,
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2021.12.17 15:39:17 | 显示全部楼层
我就是掳糖葫芦的。
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层
{:6_287:}
新的一天加油!
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