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[宏基因组] 如何看KEGG 的pathway?

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  • TA的每日心情

    2017.8.11 20:57
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    发表于 2017.8.11 21:01:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在看KEGG中的pathway中有不明白的地方,求指教。图1中是氮循环通路,鼠标指的地方是酶号为1.7.51,鼠标指上去会显示这些序号。narG,narH,narI是指编码这种酶的三个基因,请问这个1.7.5.1这个号又指什么?
    打开这个链接,会出现图1.这个K00370(narG)会出现三个name.除了在图二中的narG,还出现了narZ和nxrA,请问这两个基因又是什么,是narG的同源基因吗?




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    发表于 2017.8.14 09:50:47 | 显示全部楼层
    KEGG通路图应该怎么看
    http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-97.html
    (出处: OmicShare Forum)
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    发表于 2017.8.15 10:05:04 | 显示全部楼层
    1.7.5.1是国际酶号,每个号码代表一种类型,可以上网查一下具体号码的意义
    NarG,NarH和NarI是组成这个酶(nitrate reductase)的三个亚基,也就是你所提到的三个基因。
    narG,narz和nxrA是同属这条通路上具有同类功能的基因,它们进化上属于同源,但功能有一点点差别,narG和Z是denitrification所需的,nxrA是nitrification所需的。这几个基因在研究微生物氮循环上有重要作用。
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2017.8.15 21:00:46 来自手机 | 显示全部楼层
    基迪奥-小师兄 发表于 2017.8.15 10:05
    1.7.5.1是国际酶号,每个号码代表一种类型,可以上网查一下具体号码的意义
    NarG,NarH和NarI是组成这个酶( ...

    多谢多谢,解释的很清楚。一个Ko号可以对应两个酶号,如图一所示的Ko037对应EC:1.7.5.1和1.7.99.也就是说进化上相似的基因可以分属于不同的酶,执行不同的功能?请问可以这么理解吗?
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    发表于 2017.8.16 08:58:13 | 显示全部楼层
    chenye2015 发表于 2017.8.15 21:00
    多谢多谢,解释的很清楚。一个Ko号可以对应两个酶号,如图一所示的Ko037对应EC:1.7.5.1和1.7.99.也就是说 ...

    序列相似,功能不同的例子很多的。很有可能是,这个酶原来有两种(完全相反的)功能,但由于某些原因,最终只选择性执行一种功能。但这两种功能往往是相反的,例如这里这个酶,denitrification与nitrificaton就是相反功能。
    但同时也有一种可能是,另外一个酶的另外一种功能还没被证实。
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    发表于 2018.4.1 08:39:42 | 显示全部楼层
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