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[转录组] 请教关于韦恩图分析差异表达基因的问题

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草履虫

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发表于 2016.2.23 11:25:48 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 zhaohui 于 2016.2.23 11:34 编辑

今天分析数据突然出现一个问题,想请教一下。在做韦恩图的时候,我将转录组的4个时间点的数据与对照做了比较之后,进行维恩图的作图。但如果某一基因的第一个时间点的数据与第二时间点差异不显著,而该基因第一时间点与对照数据差异显著,而第二时间点该数据与对照差异不显著,这样岂不是该数据会出现在第一个时间点的特异数据表里,而不会出现在第二个时间点的数据表里,这样在韦恩图里该基因就会算作是第一个时间点和第二个时间点的差异基因,而实际这两个时间点该基因表达差异并不显著。这样的错误应该怎样处理呢?公司给做的韦恩图分析中就将错就错了,所以最终很多差异不显著的基因因为人为分组将其分到了差异基因的组里,也有差异基因反而被丢掉的现象,这种对差异基因分析结果在韦恩图分析差异基因中出现很多,怎样解决,求教!
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发表于 2016.2.24 10:12:28 | 显示全部楼层
你的问题比较抽象,所以我绘制了以下示意图。

1. 关于不同类型差异基因的界定

   对你所说的,得到4组差异基因集后绘制维恩图。那么,图中韦恩图蓝色特有的部分就是时间1特有的差异基因。这些特有的差异基因就如同柱形图展示的那样,是时间1与对照有差异, 时间2与对照没有差异。但是,如果仅仅由此推断时间1和时间2有差异,那么就是错误的。图中可以看出,时间1和时间2依然没有差异。在这里,时间2的数据介于对照和时间1之间,所以和两者都没有显著差异。

   因此,如果进行差异表达分析,每组差异分析应该是独立的,而不能从韦恩图中推导内在的逻辑关系。

2. 韦恩图的不足

   以上的问题,实际上是韦恩图在反映差异基因模式上的不足。韦恩图只能反映有或无,却不能反映:a)差异程度的数值大小;b)差异的方向是上调还是下调。对于这种情况,其实还有两种更好的绘图分析方法:

(1)绘制散点图;
   就是利用两组差异分析的结果的差异倍数取log2值,然后作为X轴和Y轴绘制散点图,这样可以直观反馈某个基因在两组比较中的差异倍数大小。


II)进行基因表达模式趋势分析
   对于你的数据情况,时间1~4如果属于一个梯度的时间点,可以考虑进行基因表达趋势分析。这样可以观察所有基因在4个时间点的上下调波动变化,比简单的使用韦恩图更具有生物学意义。关于趋势分析,可以在论坛搜索“推荐一个好用的趋势分析程序”这个帖子。




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发表于 2016.2.25 16:12:48 | 显示全部楼层
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帝王蝶

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发表于 2016.4.10 14:14:34 | 显示全部楼层
趋势分析的帖子链接在此:
http://genedenovoweb.ticp.net:81 ... /thread-17-1-1.html

以上链接打不开?

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楼上链接已修改。  发表于 2016.4.11 16:14
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发表于 2016.4.11 14:28:15 | 显示全部楼层
stoni 发表于 2016.4.10 14:14
趋势分析的帖子链接在此:
http://genedenovoweb.ticp.net:81 ... /thread-17-1-1.html

因为论坛域名更换了,链接改过了,可以打开了
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帝王蝶

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发表于 2016.4.12 12:06:45 | 显示全部楼层
可以打开了,多谢了!
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帝王蝶

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发表于 2016.4.18 22:45:39 | 显示全部楼层
有相似情况。
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中华鲟

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发表于 2016.4.28 11:51:50 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.2.24 10:12
你的问题比较抽象,所以我绘制了以下示意图。
1. 关于不同类型差异基因的界定
   对你所说的,得到4组差异 ...

老师,绘制散点图能去个例吗?理解还是不够,给老师点赞
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发表于 2016.4.29 00:24:47 | 显示全部楼层
雪莲 发表于 2016.4.28 11:51
老师,绘制散点图能去个例吗?理解还是不够,给老师点赞

去个例是什么?
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中华鲟

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发表于 2016.4.29 08:39:28 | 显示全部楼层

,是举例,实际的数据举例,谢谢老师
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发表于 2016.5.1 20:38:33 | 显示全部楼层
雪莲 发表于 2016.4.29 08:39
,是举例,实际的数据举例,谢谢老师

下周会写个专门的例子微信文章解释一下。
新的一天加油!
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中华鲟

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发表于 2016.5.1 23:45:16 | 显示全部楼层
好的,谢谢老师,期待中。。。
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中华鲟

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发表于 2016.5.4 13:32:10 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.1 20:38
下周会写个专门的例子微信文章解释一下。

老师,在等待实例呢!
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功夫熊猫

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灌水之王


发表于 2016.5.5 11:31:08 来自手机 | 显示全部楼层
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