一.数据整理与上传
在‘示例文件’及‘说明’面板中可查看所需数据格式。点击‘选择文件’上传数据表格,选择对应的数据类型(长数据或宽数据),最后点击‘提交’。
二.个性化参数调整
同一页面直接下滑,在‘结果展示’页中切换不同项目编号,可对图表的各项参数实时调整。同时下方会显示元素占比结果表,可进行搜索或筛选。
1) 基本设置
在基本设置面板中,可展开文本样式、坐标轴系和图例有关参数,按需进行自行调整。
2) 图形设置
在图形设置面板,可对图形相关参数和颜色相关参数进行调整。
2.1图形参数
通过图形方向,可切换横向或纵向显示堆叠连线图表;调整条带曲率、条带透明度可控制连线的弯曲程度以及不透明度效果;描边开关打开后,可连接堆叠柱形图的层级与条带,获得优异的可视化呈现效果。
*具体各参数对应样式可见说明面板第六部分(图表效果参考)。
2.2 图形颜色
在图形颜色中,提供6种预设的分类色板,也可按照自己的需求通过拾色器自定义配色和不透明度。
三.结果输出
参数修改完成后,点击右上方‘图片下载’按钮,选择目标图片格式(svg、png、pdf),点击下载图形即可将图表输出到本地。
若对当前图表的尺寸(或长宽比例)不满意,可调整图形高度/宽度数值,点击‘图形预览’查看效果,满意后再输出图表。
一.功能
堆叠柱状图和堆叠面积图(河流图)在各类组学中的应用都比较多,百分比堆叠柱状图能够清楚展示不同元素在样本间的占比情况,河流图优势则在于更能够展示梯度变化趋势。
堆叠连线柱状图则为堆叠柱状图+堆叠面积图的结合,能准确展示不同元素占比的同时,也能直观感受元素在不同样本间的占比增减趋势变化。
二.适用范围
适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、16S、单细胞等所有适合绘制堆叠柱状图和堆叠面积图(河流图)的数据。
三.输入
文件格式:支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
数据格式:支持长数据、宽数据两种数据格式
1) 长数据格式:数据数据为三列,需含表头(列名)。第一列为所需堆叠的元素信息,如物种名称、基因id、蛋白id、细胞类型等;第二列为分组/样本信息,第三列为对应数值。
2) 宽数据格式:行列名均必须含有。表头(列名)为分组/样本信息,行名为元素信息。
四.图形参数说明
图形方向:可控制图表横向或纵向显示;
柱子宽度:调整堆叠连线柱形图整体宽度比例;
条带曲率:控制连接条带的弯曲程度,数值越大弯曲程度越大,数值为0则为直线;
透明度:条带的不透明度;
描边开关:控制是否描边(连接堆叠柱状图和条带);
柱子描边开关:控制是否给柱状图本身描边。
五.结果输出
提供svg、pdf、png三种格式的堆叠连线柱状图下载。
六.图表效果参考
*通过调整条带曲率、条带不透明度、描边等参数可组合定制不同样式的图表:
1) 样式一:纵向,无描边
2) 样式二:横向,无描边
3) 样式三:条带曲率0,白色描边
4) 样式四:条带曲率65,白色描边
5) 样式五:条带不透明度0,柱子白色描边(即常规百分比堆叠柱状图)
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。