系统说明

发布时间:
2015-10-19 15:14:22
作者:
admin

导航栏各模块说明:

首页

生物云平台
  • 首页包括5个部分,一个是OmicShare动态,主要是近期OmicShare发布的动态。2、投递的项目状态,最新执行的项目的信息一览。3、我的消息,包含系统消息和个人消息,系统消息包含工具运行状态通知和系统推送消息。4、云平台引用说明。5、存储空间使用情况,用饼图显示存储空间的使用情况 。

工具库

生物云平台
  1. 工具库包含五类基本生物工具工具:表格工具类,序列处理工具类、序列比对类、统计类、可视化图形类和格式转换类。另外还有高级工具,如趋势分析,pathway富集分析、go富集分析、OSGO分析等。
  2. 云平台目前共有57个生物工具工具可以使用,可以根据类别快速找到需要的工具。
  3. 用户可以收藏自己常用的工具,以方便快速查找使用。

我的文件

  1. 我的文件里储存了用户上传的所有文件,并有详细描述文件的上传时间和大小。用户可以选择按文件名、时间先后、文件大小或者是文件类型排列文件.
  2. 用户可以进行新建文件夹、文件上传与下载、移动文件位置、重命名文件、删除文件,也可以批量操作文件。另外,还可以按不同条件查找文件。注意:新建文件夹和重命名文件时不能出现特殊符号,否则操作无效。
  3. 另外建议,把要使用的文件先上传到云端,这样在使用工具时可以选择已上传的云端文件,省去了提交项目时本地文件反复上传效率低而且速度缓慢的麻烦。
生物云平台
如图所示,页面中间有搜索框,可以对文件进行快速查找,可选择关键字查找、文件大小查找、文件类型查找、最后修改时间等不同方式进行查找。用户可以上传新文件,可以新建文件夹来管理文件,也可以批量下载、移动、删除文件。

单个工具界面

用户使用工具的界面。这里以两个表格合并 为例。
生物云平台
使用工具提交后,就会跳转到项目队列页面,用户提交生成的项目会在此排队。

我的项目

  1. 所有工具使用后都会生成对应的项目,项目状态包括失败,排队,运行,完成。用户可以通过关键字搜索相关项目,系统每隔3分钟自动刷新项目列表,用户也可以一分钟后手动刷新项目列表。项目的状态变为成功时,可以查看文件(缩略图)和下载结果文件。
  2. 在我的文件里也有Task文件夹,它会保存提交项目的结果文件,只需要按当时提交的项目名查找结果文件夹即可找到结果文件。
生物云平台

回收站

回收站里面显示的文件是已删除的文件,可还原也可彻底删除。还原文件就能恢复文件到用户个人根目录下,彻底删除则完全清除文件,不能再查找到文件的痕迹。回收站也支持批量删除与还原。

积分/奥币模块


①奥币数和论坛的奥币数同步,每次使用工具提交项目就会扣取一定奥币数,消耗的值在每个工具界面都有显示,奥币数太少,可能会不足以使用工具提交项目,此时可以登录论坛,在论坛有很多方式可以获取奥币。
附:使用工具奥币消耗规则
②关于积分,每天登录云平台即可获得1积分,连续登录系统一周额外赠送3积分,积分值与等级直接相关,用户等级分为三个等级,萌新、大师和VIP会员。鼠标放在等级图标上即可显示当前积分值。

新消息

  1. 新消息包含用户收到的所有信息,后面的数字是所有消息的总条数。点击可以查看所有系统消息和个人消息。
  2. 系统消息是自己的项目完成后的通知消息,或者是奖励消息,即额外增加积分/奥币的信息。
  3. 个人消息是管理员发送或回复的消息。一般是用户在网站发送反馈信息后,管理员的回复。
生物云平台

用户菜单

  1. 修改个人基本信息,如更新密码,电话、邮件。
  2. 兑换积分,用户获得积分码后,可以兑换获得积分,提升等级,获得更全面的功能体验。
  3. 退出网站。

在线客服

我的客服服务有四种方式,分别为加群讨论,论坛发帖、发送邮件和填写工单。推荐加群和论坛发帖,能最迅速的得到答案。
生物云平台工具

权限说明

发布时间:
2015-10-19 15:14:22
作者:
admin

简介

在本系统中,用户分为3个等级,萌新,大师和VIP会员。等级越高,功能体验越好。等级和积分直接相关。

特权与功能 萌新 大师 VIP会员
会员头像
积分存在区间 1~300 >300 500元
单个文件上传最大值(M) 50 500 1024
单次上传文件数目(个) 5 15 9999
个人存储空间最大容量(G) 10 20 100
高级工具的使用 付费 付费 免费,注释工具打折
每日最大项目投递数量(个) 无限制 无限制 无限制
项目处理优先级 较高 最高 瞬间
刷新项目等待时间(s) 10 5 0
视频点播特权 付费 付费 免费
视频倍速播放
尊贵会员身份标识
培训课程持续更新
论坛签到双倍奖励
书店打折
注: 所有用户注册后成为萌新。

积分获取方式

(1)每天登录云平台系统获得,登录一天得一分,连续登录一周额外奖励3分。
(2)通过论坛,官网或微信平台获取积分卡,兑换并使用积分卡可以快速增加积分,提升等级。

奥币的获得

方法1:完善OmicShare forum上的个人账户信息,如设置头像、视频认证、邮箱认证以及每天登录等都将获得奥币奖励。
方法2:前往OmicShare forum发帖回帖
方法3:邀请好友注册抢300奥币
老用户成功邀请一位新用户注册并激活账户,即可获得10奥币奖励;同时每邀请成功5个好友,将额外获得相应的奥币(额外奖励奥币数=邀请成功总人数/5(取整)×10)。每月1日,根据上月邀请获得的奖励来排名评选并奖励分享达人,月度达人第1名再奖励300奥币,月度达人第2名再奖励200奥币,月度达人第3名再奖励100奥币。 活动详情>>

案例一

发布时间:
2015-10-30 10:14:22
作者:
admin

有两组差异基因表达数据(10_centigrade和25_centigrade),需要画维恩图,并得到交集基因的表达量、功能注释等在基因总表里呈现的所有信息。
运作过程是,先利用venn图工具获取两组差异表达基因的交集基因名称,然后再使用表格筛选工具获取得到的交集基因的表达量、功能注释等在基因总表里呈现的所有信息。
①源文件: 文件一     文件二
②文件说明: 文件一是两组差异基因表达数据,使用venn图工具时的输入文件,可以得到的结果是两组差异基因的交集基因的基因名称。
文件二是基因总表,使用表格筛选工具时的输入文件。可以得到交集基因在总表的所有信息。
③使用工具: venn图      表格筛选
1.绘制维恩图,得到两组差异基因的交集

1)按照格式要求整理好数据,提交项目

生物云平台

2).查看和下载分析结果

到“我的项目”查看维恩图分析结果。点击维恩图中的交集部分,会得到相应交集基因信息。然后将交集的基因ID复制,进行下一步的表格筛选。

生物云平台
2.从基因表达总表中提取交集基因的表达量等信息

将上面复制的交集基因ID粘贴到“表格筛选”工具里的“要提取的名称清单”数据框内,或者保存为txt文件,再上传。然后上传所有基因表达量总表,根据是否有表头进行选择,并选择对第一列进行筛选。

生物云平台
3.提交项目,查看数据
生物云平台

本文版权所有归基迪奥生物科技有限公司所有

案例二

发布时间:
2015-10-30 10:14:22
作者:
admin
现有小白菜的转录组数据,想通过同源比对寻找与拟南芥NAC019同源的基因,并且拿到的NAC019序列是antisense的,需要先获取其反向互补序列。
运作过程:先使用序列格式化工具,获取NAC019的反向互补序列,在使用blast工具把NAC019序列比对到小白菜转录组。
①源文件: 文件一      文件二
②文件说明: 文件一是fasta格式的NAC019核酸序列,并且是antisense的,序列格式化工具的输入文件,获取NAC019的反向互补序列。
文件二是比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式
③使用工具: 序列格式化      Blast
1.利用“序列格式化”工具获取NAC019的反向互补序列:

1)将fasta格式的NAC019核酸序列输入数据框中,或者上传序列文件,并勾选“获取反向互补序列”,开始格式化

生物云平台

2).查看并下载数据结果

项目完成后到“我的项目”查看,并下载格式化后的fasta格式序列结果。

生物云平台
2.利用“Blast序列局部比对”将NAC019序列比对到小白菜转录组

①将刚才第一步fasta格式的反向互补结果输入数据框中,或上传序列文件。

②然后上传比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式。如果序列文件大小超过本地文件上传的限制(5M),就要先将序列文件上传到“我的文件”,然后再从云端文件选择.

③参数选择:
1)期望值(evalue):期望值越低,限制越严格,默认选择10;
2)输出格式:共有12种格式可供选择,每种格式的说明可在“案例演示”里查看;
3)程序:共有5种程序可选,选择某种程序后可在选择框的后面看到相应的说明,也可到“案例演示”里查看具体说明

生物云平台
3.点击“开始比对”,程序将开始运行,完成后到“我的项目”查看并下载,结果如下
生物云平台