趋势分析(Trend Analysis) 点击收藏

趋势分析是针对多个(至少3个)连续型样本的特点对基因的表达模式进行聚类的方法。通过趋势分析可以找到具有相同表达模式的基因

输入的表格文件,必须为txt格式。可以选择在excel中将数据打开,然后另存为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)",详细介绍请点击案例演示。


基因表达量表,第一列为基因id,后面为样品表达量,趋势顺序按样品在表格中的顺序排列。


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当 两个时间点间变化的趋势数量取1的时候,趋势总个数为3^(n-1)-1,n表示样品个数,如3个样品理论上有8个趋势,当点较多时,可以输入控制输出趋势个数,如5个点理论有80个趋势,可以选择输出20个有代表性的趋势。
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类型1:输入为基因表达量,与第一个点比较求出log2(FC),格式如:log2(v1/v1),log2(v2/v1),log2(v3/v1)…
类型2:输入为log2(FC):即已经对数据做log2(FC)处理,格式如:v1-v1,v2-v1,v3-v1…
类型3:add0:适用于已经对数据做log2(FC)做处理的数据,程序默认会过滤掉没有趋势的情况(即变化一致的情况会被过滤掉),在前面加0就能够输出这种情况(如:平行处理组相对于对照组都是增加了两倍)。格式如:0,v1,v2,v3…


默认将P值<0.05的趋势认为是显著趋势.
(大于0的值)

两个点间的表达量低于最小变化趋势会认为没有变化,默认为2倍。
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