表格筛选


*
选择文件 示例文件
*
*
文件只能包含一列
*
*
*
*
*ProVIP免费
*VIP免费
*当前账户剩余0次

功能

从表格包含的列属性中(例如基因id),筛选出所关注属性的所有信息(如基因的表达量、注释信息等)

 

输入

文件格式:支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excelxls(Excel 97-2003 )格式。

 

数据整理:输入的矩阵数据文件有无表头均可;输入要提取的名称清单文件内只能包含一列所需提取的名称。

 

参数

/不包含表头:根据上传源文件内是否具有表头进行选择。

精准查询:查找时将进行严格匹配查找,只有查找的字符与源文件的目标字符完全匹配时才进行筛选,即需要输入所需提取清单信息的完整名称。

模糊查询:查找时将进行模糊查找,只有源文件的目标字符包含查找的字符就进行筛选(可选择是否区分大小写),即只需包含名称的一部分即可。

对第几列进行筛选:指定对第几列进行筛选,一般为源文件中要提取的名称清单所在列。

筛选结果按源文件里顺序排列/筛选结果按提取清单顺序排列:按需选择筛选结果的排列顺序。

 

输出:

程序将输出筛选结果。

筛选背景:现有一个高血脂患者2万个基因的SNP变异以及注释信息的表格(输入源文件),但我们仅关注的50个与高血脂相关的目标基因(要提取的名称清单文件),我们期望从总表中将这50个基因的信息提出来,便于单独分析。

 

一.数据整理:

以示例文件为例,输入的源文件如下,具体格式要求详见说明。

 

 

输入的所需提取的名称清单文件如下,注意只能包含一列。

 

二.文件输入:

输入要进行表格筛选的源文件及需要提取的名称清单,要提取的名称清单有“上传文件”或直接“手动输入”两种方式。手动输入方式名称与名称之间需用换行符(enter)分开。

 

三.参数设定:

/不包含表头:根据上传源文件表格是否包含表头进行选择。

精准查询:查找时将进行严格匹配查找,只有查找的字符与源文件的目标字符完全匹配时才进行筛选,即需要输入所需提取清单信息的完整名称。

模糊查询:查找时将进行模糊查找,只有源文件的目标字符包含查找的字符就进行筛选(可选择是否区分大小写),即只需包含名称的一部分即可。

对第几列进行筛选:指定对第几列进行筛选,一般为源文件中要提取的名称清单所在列。

筛选结果按源文件里顺序排列/筛选结果按提取清单顺序排列:按需选择筛选结果的排列顺序。

 

四.文件输出:

“我的项目”中查看任务进度及结果,点击“预览”可在线查看筛选结果,点击“下载”可将表格筛选结果下载到本地。

 

 

筛选结果(.xls):

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。