Toggle first in pair / second in pair

在上面输入SAM falg值,就可以解析出对应的全部属性。或者可以在下面根据勾选的属性值得到SAM flag值

Find SAM flag by property:

以下描述均用paired reads进行描述,read1代表测序中第一段测得的序列,read2代表测序中第二段测得的序列。FLAG信息描述reads比对的信息



  template having multiple segments in sequencing | reads是成对的
  each segment properly aligned according to the aligner | reads是成对的比对到合适的参考序列位置上
  segment unmapped | 该read没有比对上参考序列
  next segment in the template unmapped | 成对的另一端read没有比对上参考序列
  SEQ being reverse complemented | 该read是反向的
  SEQ of the next segment in the template being reverse complemented | 成对的另一端read是反向的
  the first segment in the template | 该序列是read1
  the last segment in the template | 该序列是read2
  secondary alignment | 该序列不是最优的比对位置
  not passing filters, such as platform/vendor quality controls | reads没有质量值
  PCR or optical duplicate | reads是PCR扩增来的或者重复的
  supplementary alignment | 备选的比对位置,一般用来预测嵌合体

Summary:

功能:
这个实用程序使得根据其SAM标志值来识别读取的属性很容易,或者相反,为给定的属性组合找到SAM Flag值。

SAM文件格式:
sam文件格式包括两部分,头文件(header)和比对文件(alignment)。头文件描述sam文件是否排序及参考序列的信息,一般被隐藏起来;而比对文件一般描述比对的信息,且前11列是固定的,第12列是可变的,每列解释如下:

1 | QNAME | Query template NAME | reads名称
2 | FLAG | bitwise FLAG | 位标签
3 | RNAME | Reference sequence NAME | 参考序列名称
4 | POS | 1‐based leftmost POSition | 基于从1开始的左起比对位置
5 | MAPQ | MAPping Quality | reads比对质量
6 | CIAGR | CIGAR string | CIGAR字符串
7 | RNEXT | Ref. name of the mate/next read | 配对的reads比对到的参考序列名称
8 | PNEXT | Position of the mate/next read | 配对的reads比对到的位置
9 | TLEN | observed Template LENgth | reads与配对reads组成的片段的长度
10 | SEQ | segment SEQuence | reads序列
11 | QUAL | ASCII of Phred-scaled base QUALity+33 | 基于ASCII码-33质量体系的reads质量值
*12 | optional fields | variable OPTional fields in the format TAG:TYPE:VALUE
| 可选字段,格式为TAG:TYPE:VALUE,不同比对软件给出的字段及含义是不一样的

输入:

文件格式说明:在SAM flag框里输入要解释的正整数值.


参数:

① 0x1 template having multiple segments in sequencing | reads是成对的

② 0x2 each segment properly aligned according to the aligner | reads是成对的比对到合适的参考序列位置上

③ 0x4 segment unmapped | 该read没有比对上参考序列

④ 0x8 next segment in the template unmapped | 成对的另一端read没有比对上参考序列

⑤ 0x10 SEQ being reverse complemented | 该read是反向的

⑤ 0x20 SEQ of the next segment in the template being reverse complemented | 成对的另一端read是反向的

⑥ 0x40 the first segment in the template | 该序列是read1

⑦ 0x80 the last segment in the template | 该序列是read2

⑧ 0x100 secondary alignment | 该序列不是最优的比对位置

⑨ 0x200 not passing filters, such as platform/vendor quality controls | reads没有质量值

⑩ 0x400 PCR or optical duplicate | reads是PCR扩增来的或者重复的

⑪ 0x800 supplementary alignment | 备选的比对位置,一般用来预测嵌合体


输出:

软件结果将输出SAM flag的解析结果。

生物云平台