截取序列





1: fasta序列



选择文件

2: 模式选取






选择文件
3: 参数输入




*

获取反向互补序列   任务完成后发邮件通知我

 使用一次消耗奥币数 1



功能:
截取序列的指定区段,分为单区段序列截取和多区段序列截取两种模式。


输入:
支持fasta格式的文本文件或者在线文本直接粘贴输入。


参数:

①单区段序列截取:输入序列名称,序列的起始位置和终止位置。

②多区段序列截取:输入一个区段文件,文件是.txt格式的表格,表格共有三列,分别为:序列名称、起始位置、终止位置。

③向左延伸数值:从起始位置算起,向左添加截取的字符数量。

④向右延伸数值:从终止位置算起,向右添加截取的字符数量。

⑤每行输出的碱基或者氨基酸的数量可自主填写。

⑥可选择是否获取其反向互补序列。


输出:

程序将输出fasta格式的已截取的序列

案例演示1:


示例文件(可右击下载):源文件


输入以下四个序列,设置:单区段模式,设置序列名称为seq1,起始位置为3,终止位置为10,向左延伸1个单位,故起始位置变为2

>seq1
TCATTTAATGAC
>seq2
ATGGC
>seq3
TCACATGATGCCG
>seq4
ATGGAAGC
    

生物云平台
输出结果为:

>seq1_2_10
CATTTAATG
 

案例演示2:


点击标签项中的b、多区段截取,在区段文件里输入以下序列参数,格式如下,此时模式为多区段模式

seq1 1 10
seq2 
seq3 1 10
  

输出结果为:

   
    >seq1_1_10
    TCATTTAATG
    >seq2
    ATGGC
    >seq3_1_10
    TCACATGATG