截取序列


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2:模式选取
选择文件
3:参数输入
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功能:
截取序列的指定区段,分为单区段序列截取和多区段序列截取两种模式。

 

输入:
支持fasta格式的文本文件或者在线文本直接粘贴输入。


参数:

 

①单区段序列截取:输入序列名称,序列的起始位置和终止位置。

②多区段序列截取:输入一个区段文件,文件是.txt格式的表格,表格共有三列,分别为:序列名称、起始位置、终止位置。

③向左延伸数值:从起始位置算起,向左添加截取的字符数量。

④向右延伸数值:从终止位置算起,向右添加截取的字符数量。

⑤每行输出的碱基或者氨基酸的数量可自主填写。

⑥可选择是否获取其反向互补序列。

 

 

输出:

程序将输出fasta格式的已截取的序列

案例演示1:

 

①输入文件

输入以下四个序列, 设置: 单区段模式,设置序列名称为seq1,起始位置为3,终止位置为10,向左延伸1个单位,故起始位置变为2

 

>seq1
TCATTTAATGAC
>seq2
ATGGC
>seq3
TCACATGATGCCG
>seq4
ATGGAAGC
                               

 

②参数选择

 

模式选取:

单区段截取,是针对一个序列的操作,输入名称和起始、终止位置;

多区段截取,是针对多个序列的操作,文件格式是每行输入序列名,起始、终止位置。

向左、向右延伸,即代表额外多获取目标区段左边和右边多少个位置

③下载结果

 

在我的项目中下载结果。
 
输出结果为:
>seq1_2_10
CATTTAATG
                                

 

案例演示2:

 

点击标签项中的 b、多区段截取 ,在区段文件里输入以下序列参数,格式如下,此时模式为多区段模式

 

seq1 1 10
seq2
seq3 1 10
                                

 

输出结果为:

 

>seq1_1_10
TCATTTAATG
>seq2
ATGGC
>seq3_1_10
TCACATGATG

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件名不可以有空格。文件拓展名没有限制。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。