OSGO







 方式一:  方式二:


选择文件 *







肩并肩式 堆叠式






添加该颜色


范围型 条形


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 使用一次消耗奥币数 0



功能:
绘制一组或多组数据的GO二级分类注释柱状图。


输入:
有两种方式可以选择:

① 输入方式一

分别输入每组基因的GO注释表,并自定义组名。格式为第一列是基因ID,之后每一列为一个GO号;

② 输入方式二

输入所有基因的GO注释表,并输入分组文件。GO注释表的格式与方式一相同,分组文件的格式为第一列是基因ID,第二列为组名;

Unigene0000004  GO:0002376  GO:0005126
Unigene0000005  GO:0048469  GO:0046914  GO:0042127  GO:0005515  GO:0000982  GO:0006357  GO:0043231  GO:0038023  GO:0009755  GO:0022602  GO:0003677  GO:0030518
Unigene0000009  GO:0005198
Unigene0000010  GO:0005198
Unigene0000016  GO:0003676  GO:0016479  GO:0043232  GO:0097191  GO:0009895
Unigene0000027  GO:0016842  GO:0043231  GO:0043234  GO:0043409  GO:0017016  GO:0000226  GO:0044444  GO:0065003  GO:0097485
Unigene0000028  GO:0043231  GO:0043234  GO:0043409  GO:0017016  GO:0000226  GO:0044444  GO:0065003  GO:0097485
Unigene0000034  GO:0010508  GO:0046914  GO:0060089  GO:0010629  GO:0051091  GO:0044432  GO:0043161  GO:0016567  GO:0031090  GO:0008219  GO:0010212  GO:0043122  GO:0006952  GO:0019787  GO:1902186
Unigene0000040  GO:0019842  GO:0016829  GO:0046872  GO:0009062  GO:0042579  GO:0006461  GO:0005515
Unigene0000043  GO:0006810  GO:0031224
Unigene0000051  GO:0043169  GO:0017111
  .   .   .   .   .   
            

参数

① 选择GO数据库版本:目前分为四种:①最新的:2016-11-01版本(默认) ②2016-08-01发布版本 ③2015-12-01发布版本 ④2015-05-01发布版本

② 作图类型:有“肩并肩式”和“堆叠式”两种类型选择。“肩并肩式”指两组数据并排展示,“堆叠式”指多组数据堆叠在一起展示。

③ 右纵坐标(百分比):表示某个GO条目包含的基因数占总基因数目的百分比。可选择显示或不显示。

④ 取log10:可选择是否对左纵坐标取log10。当不同GO条目所包含的基因数相差很大时,为了使GO二级分类图美观,可对左纵坐标取log10,放大小的数值,缩小大的数值。如果选择的作图类型是“堆叠式”,则没有该选项,不能对左纵坐标取log10。

⑤ 自定义颜色:可自定义每个组别(两组或以上)或每个GO Ontology(只有一组)的颜色。默认红、绿、蓝。也可手动选择颜色,选择好颜色后点击“添加该颜色”,可将颜色添加到图形中。注意颜色是按顺序排列的,可自由删除不要的颜色。

⑥ 背景样式:可选择GO二级分类图的背景样式。范围型表示背景有颜色,条形表示根据纵坐标显示水平线。


输出:

① osgo.png:GO二级分类注释柱状图(标量图)

② all.GO.level2.bar.svg:GO二级分类注释柱状图(矢量图)

③ all.GO.level2.stat.xls:所有GO二级注释条目表。第一列为GO一级注释ID,第二列为GO一级注释名,第三列为GO二级注释ID,第四列为GO二级注释名,第五列为第一组注释为该GO条目的基因数,第六列为第二组注释为该GO条目的基因数,第七列为第一组注释为该GO条目的基因ID,第八列为第二组注释为该GO条目的基因ID。

示例文件:up.osgo   down.osgo

输出结果:可下载的结果文件夹、可动态查看的结果图
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