权重网络图






选择文件 格式示例



连通性方法:


权重范围: —— *



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功能:
将基因间的调控互作关系绘制成一个有权重的网络图。 Learn More~


输入:

①需要输入一个边界文件。
②边界文件格式说明:边界文件至少包含三列,其中,
第一列和第二列为基因名称或基因ID,在同一行中,表示第一列的基因和第二列的基因有相互作用关系(没有方向的区分)。第三列为权重,即两个基因间的相关系数。
在权重网络图中,不同的权重将用不同的线条类型表示。之后还可以有其他数据,比如基迪奥WGCNA结题报告中给出的cytoscape配置文件edge文件,总共有六列。
边界文件必需包含表头,表头可以自定义,如:fromNode, toNode, weight


参数:

①连通性:连通性的计算方法有硬阈值和软阈值两种方法。硬阈值是指一个基因与多少个基因有联系。例如基因A总共与10个基因有相互作用,则基因A的连通性为10。软阈值是指一个基因与其他基因的相关系数(权重,weight)的总和。例如基因A与基因B 的权重为0.2,与基因C的权重为0.3,与基因D的权重为0.5,则基因A的连通性为0.2+0.3+0.5=1。

②权重范围:可自行设置权重范围,展示特定权重范围下的基因间调控关系。 注意:如果连通性方法选择的是硬阈值,则是先筛选权重范围再在这个范围内计算基因的连通性;如果连通性方法选择的是软阈值,则是先计算每个基因的连通性后再筛选权重范围进行展示。


输出:
输出一个可以编辑的网络图。自行编辑后,可以保存为png, pdf, svg格式。同时输出连通性的颜色图例,可以另行下载,格式为.svg。

示例文件:边界文件  
生物云平台
输出结果:
生物云平台