功能:
把多个表格合并为一个表格。有内连接、左连接、全连接三种方式,将多个表格的信息根据需求合并到一个表格中。
输入:
上传拥有表头的数据文件,且表头位于第一行。
支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)
参数:
连接方式可选择:内连接、左连接、全连接三种
①内连接:将两个表的共有ID或共有名称的所有行合并输出;
②左连接:利用共有ID或共有名称,以左边表中的数据为基准,来提取右表的数据,若右表无相应数据则相应位置为空值;
③全连接: 输出多个表格中所有的行,当某行在另一个表中没有匹配行时,则另一个表返回缺省值
④缺省值: 没有对应的值用于填充的字符:——、X、N/A、空,也可自填缺省值。
输出:
程序将以txt的形式输出结果文档,第一行为表头数据
这里有三个表。 表1包含两个样品的基因表达信息,tabel2包含基因注释的信息,table3包含其他三个样品的基因表达数据。 所有表的第一列是基因ID。 通过表合并,所有的基因表达和注释信息将被合并到一个表中。
一 输入表格
表格1:
geneID | root_exp | leave_exp |
---|---|---|
Unigene01 | 16.4798 | 3.3122 |
Unigene02 | 44.5027 | 24.1932 |
Unigene03 | 86.9566 | 43.0663 |
表格2:
geneID | KO_id | ko_definition |
---|---|---|
Unigene02 | K10592 | E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 |
Unigene03 | K10592 | NADH dehydrogenase I subunit 4 |
Unigene04 | K05579 | dehydrogenase I subunit 7 |
表格3:
geneID | A_exp | B_exp | C_exp |
---|---|---|---|
Unigene01 | 16.4798 | 3.3122 | 5597 |
Unigene02 | 44.5027 | 24.1932 | 16261 |
Unigene03 | 86.9566 | 43.0663 | 25566 |
Unigene04 | 3.3821 | 2.4806 | 1595 |
二 参数选择
三 结果下载
在我的项目中可查看、下载结果。
内连接结果:
geneID | root_exp | leave_exp | KO_id | ko_definition | A_exp | B_exp | C_exp |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Unigene02 | 44.5027 | 24.1932 | K10592 | E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 | 44.5027 | 24.1932 | 16261 |
Unigene03 | 86.9566 | 43.0663 | K10592 | NADH dehydrogenase I subunit 4 | 86.9566 | 43.0663 | 25566 |
左连接结果:
geneID | root_exp | leave_exp | KO_id | ko_definition | A_exp | B_exp | C_exp |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Unigene01 | 16.4798 | 3.3122 | -- | -- | 16.4798 | 3.3122 | 5597 |
Unigene02 | 44.5027 | 24.1932 | K10592 | E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 | 44.5027 | 24.1932 | 16261 |
Unigene03 | 86.9566 | 43.0663 | K10592 | NADH dehydrogenase I subunit 4 | 86.9566 | 43.0663 | 25566 |
全连接结果:
geneID | root_exp | leave_exp | KO_id | ko_definition | A_exp | B_exp | C_exp |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Unigene01 | 16.4798 | 3.3122 | -- | -- | 16.4798 | 3.3122 | 5597 |
Unigene02 | 44.5027 | 24.1932 | K10592 | E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 | 44.5027 | 24.1932 | 16261 |
Unigene03 | 86.9566 | 43.0663 | K10592 | NADH dehydrogenase I subunit 4 | 86.9566 | 43.0663 | 25566 |
Unigene04 | -- | -- | K05579 | dehydrogenase I subunit 7 | 3.3821 | 2.4806 | 1595 |
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。