气泡图


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添加颜色
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功能:
用一个带有表头的以table分隔的表格数据绘制一个气泡图。气泡图可展示多维数据,如差异基因注释通路的富集情况等。

 

 

输入:
数据的第一列将作为x轴,第二列将作为y轴,第三列为气泡大小。数据与数据间请用tab符隔开
上传文件格式说明:格式如下,数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。制图时将以第一列为x轴

y1	y2	y3
1	2	3
3	4	3
99	88	66
7	5	6
7	8	9
66	88	99
7	9	3
12	8	15
13	20	5
            


参数:

 

① 图片标题:可自己定义气泡图的标题名称

② Y轴标题:可自己定义气泡图的Y轴标题名称

③ 定义序列名:可自己定义序列名,如seqA,seqB.注意个数要与序列个数相等。

④ 自定义颜色:定义颜色:可自己定义气泡图的颜色,注意颜色数量要与文件个数相等

⑤ 透明度:0-1之间的数,越接近0越透明,但是如果输入了颜色,则透明度无效

 

 

输出:

程序将输出气泡图,提供常见图片格式的图片下载

一.   数据整理与上传

 

通过“说明”“示例文件”两处查看所需的数据格式,点击“选择文件”上传整理好的数据。

需要增加表格则点击“增加表格”,可以输入1-3个文件。

 

二.   参数选择与提交

 

根据自身需求进行参数选择,详见“说明”部分,最后点击“提交”即可。

 

自定义图形标题、y轴标题:

 

自定义组名及颜色,这里必须跟上传的文件个数对应。

定义颜色不填选,则系统自定义上色。

 

 

三.   结果查看

 

“我的项目”中点击“预览”可查看和下载分析结果。

支持下载png、jpeg、svg、pdf格式图形、

 

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。