火山图


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选择文件 示例文件
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差异倍数的变化阈值
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P值或Q值的阈值
(选填,x轴最大值)
(选填,y轴最大值)
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功能

以组间差异倍数取以2为底的对数(log2(FC))为横坐标,以差异显著性检验P值或FDR值取10为底的对数的负值-log10(p)/-log10(FDR)为纵坐标,给差异显著(一般为差异倍数为2倍以上,且P/FDR值小于0.05)的点赋予不同的颜色,来显示两组样品间的差异显著性。

 

适用范围

适用于转录组、蛋白组、代谢组、微生物等差异数据的可视化。

 

输入

文件格式:输入的表格文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excelxls(Excel 97-2003 )格式。

 

文件类型:表格文件可直接通过基迪奥结题报告获取。若自己准备数据文件,则文件至少需要包含log2(FC)P值或FDR值(即X轴和Y轴作图所需)的数据列(含表头)。

 

参数

图片标题:可自定义主标题,不需要可删除,默认为volcano_plot

散点大小:默认大小1,可按需自定义。

X轴标题:X轴命名,默认log2(FC)

Y轴标题:Y轴命名,默认-log10(pvalue)

_________列作为x轴的值:填输入文件中log2(FC)所在的列。

x轴阈值:即差异倍数,默认为2倍。

_________列作为y轴的值:填输入文件中P值或FDR值所在的列。

y轴阈值:可按需选择0.010.05.

xmaxx轴设定最大值(选填)。

ymaxy轴设定最大值(选填)。

自定义不同标志值的颜色:

默认颜色参数设定为非差异基因(nodiff)—黑色,上调基因(up)—红色,下调基因(down)—绿色,可进行自定义。

 

输出

out.DE.volcano.png/pdf 火山图(两种图片格式)

示例文件:火山图示例文件

 

一.数据整理

文件格式及数据内容见说明部分

 

二.文件输入

注意格式,详见说明。

 

三.参数选择

 

标题及散点大小:

图片标题:可自定义主标题,不需要可删除,默认为volcano_plot

散点大小:默认大小为1,可按需自定义。

X轴标题:X轴标题命名,默认log2(FC)

Y轴标题:Y轴标题命名,默认-log10(pvalue)

 

选择用于作图的列及阈值:

_________列作为x轴的值:填输入文件中log2(FC)所在的列。

x轴阈值:即差异倍数,默认为2倍,按需填写。

_________列作为y轴的值:填输入文件中P值或FDR值所在的列。

y轴阈值:可按需选择0.010.05

 

其它参数:

xmaxx轴设定最大值(选填),不填默认不为x轴设置上限。

ymaxy轴设定最大值(选填),不填默认不为y轴设置上限。

自定义不同标志值的颜色:

默认颜色参数设定为非差异基因(nodiff)—黑色,上调基因(up)—红色,下调基因(down)—绿色,可进行自定义。这里案例设置为非差异基因(nodiff)—蓝色,上调基因(up)—红色,下调基因(down)—黄色。

 

结果输出

“我的项目”中查看进程及结果,点击“预览”可在线查看火山图结果,点击“下载”可输出pdfpng格式的火山图到本地。

火山图

Q1. 数据文件名称有没有要求?

 

OmicShare当前支持文件命名为中文、英文、符号仅支持英文点号“.”及下划线"_"。

不支持空格及其他特殊符号。

 

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

 

 

Q3. 什么提示x轴y轴数据不能来自同一列?

 

 

在提交分析前,需要选择log2(FC)、P值或FDR值所在列。没有填写所在列则会如上提示。

 

 

 

 

Q4.为什么任务出错?

 

如果数据文件没有问题,可以检查是否log2(FC)、P值或FDR值所在列选错。

注意:“第_列作为x/y轴的值”这里需要填写阿拉伯数字!

 

例:

比如在我的数据中,log2(FC)在2列,P value在3列,这里相应填上2、3就可以了,而切勿输入B列、C列!

 

 

 

Q5. 如何对火山图进行调整(文字/图形样式调整)?如何在图中标注基因?

 

在线调整及标注基因功能,需要使用动态火山图工具。

点击跳转至动态火山图工具>>

 

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

案例1

发表期刊:Ecotoxicology and Environmental Safety

影响因子:6.8

发表时间:2022

 

Fig. 4. b&c, Volcano plots of protein quantifications in CK group (b) and AZA exposure group (c), respectively, and the logarithmic fold changes of iTRAQ quantification intensities were plotted by the negative decadic logarithm of the p value. The number of up-/down-regulated DAPs was obtained by comparing the protein abundance in adult ovary with that in pupal ovary in S. litura under normal and AZA exposure condition, respectively.

 

引用方式:

Volcano plots were performed using the OmicShare tools (https://www.omicshare.com/tools) with default settings.

 

参考文献:

Sun R, Xu Y, Liu J, et al. Proteomic profiling for ovarian development and azadirachtin exposure in Spodoptera litura during metamorphosis from pupae to adults[J]. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2022, 237: 113548.

 

案例2

发表期刊:Frontiers in Molecular Neuroscience

影响因子:4.8

发表时间:2022

 

FIGURE 5. A visualization of the transcriptome data analysis. The volcano map (A) and heatmap (B) of the gene expression. The red gene is upregulated and the green gene is downregulated. |log2 (FC)| >1 is considered to be significant.

 

引用方式:

We drew the volcano map and the heatmap of the DEGs using the OmicShare toolswww.omicshare.com/tools.

 

参考文献:

Li M, Liu F, Hao X, et al. Rare KCND3 Loss-of-Function mutation associated with the SCA19/22[J]. Frontiers in Molecular Neuroscience, 2022, 15: 919199.

 

 

案例3

 

发表期刊:Journal of agricultural and food chemistry

影响因子:6.1

发表时间:2020

Figure 5. Characterization of PCH, FCH, and P-FCH in terms of amino acid and peptide profiles. (E) Volcano plot of peptides in PFCH vs PCH (red dots denote upregulation, and green dots denote downregulation). (F) Volcano plot of peptides in P-FCH vs FCH (red dots denote upregulation, and green dots denote downregulation).

 

引用方式:

The distribution of peptides in each hydrolysate was analyzed by an UpSet Venn diagram (http://www.omicshare.com/ tools). Variation analysis of the peak areas in common peptides was shown by the volcano plot (http://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献:

Wang C, Zheng L, Su G, et al. Evaluation and exploration of potentially bioactive peptides in casein hydrolysates against liver oxidative damage in STZ/HFD-induced diabetic rats[J]. Journal of agricultural and food chemistry, 2020, 68(8): 2393-2405.

 

案例4

 

发表期刊:Infection and Drug Resistance

影响因子:3.9

发表时间:2022

 

Figure 2 Data quality control and differential screening. (D) volcano plot showing up-regulated (purple) and down-regulated (green) proteins screened by differential analysis, with the logarithm of the difference multiplicity (log2) as the horizontal coordinate and the negative logarithm of the p-value (log10) as the vertical coordinate.

 

引用方式:

Differentially expressed proteins were screened using the OmicShare online platform (https://www.omicshare.com/) with the screening criteria: p<0.05 and |FC|≥2.0. Transcriptomic and proteomic data are submitted to OmicShare platform to construct a nine-quadrant map.

 

参考文献:

Wang C, Li Y, Li S, et al. Proteomics combined with RNA sequencing to screen biomarkers of sepsis[J]. Infection and Drug Resistance, 2022: 5575-5587.