秩和检验





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功能:
利用Wilcoxon秩和检验进行两组样本的差异分析。Wilcoxon秩和检验,也称Mann-Whitney U检验,是一种非参数检验,在不需要假设两个样本空间都为正态分布的情况下,测试它们的分布是否完全相同。使用R语言进行秩和检验。


输入:

注意:输入的表格文件,必须为txt格式。可以选择在excel中将数据打开,然后另存为“文本文件(制表符分隔)(*.txt)”

(1) 差异检验表格文件:输入的文件第一行为样本名称,第一列为差异检验变量名称,表中的数值为结果变量数值。每个分组内至少要有3个重复样品,多组样品进行两两分组比较。

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(2) 组间比较文件:列出要进行差异分析的比较组的文件。文件必须为txt格式。有两列,在进行差异分析时是第二列比上第一列。如第一列是A(组),第二列是B(组),则为B组比上A组。一行为一个比较组。

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(3) 分组信息文件:定义分组信息。文件必须为txt格式。第一列为样本名,第二例为所在的组名。

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参数:

(1)检验值:用来判断差异显著性的秩和检验值,可选择P值或Q值。Q值是P值经过多重检验校正得到的。在流程结果中将会提供Q值(FDR值)。

(2) 检验阈值:即上面所选P值或Q值的阈值,通常选择0.05,也可以根据实验具体情况适当降低或提高阈值,如0.01、0.001等。

(3)差异倍数:利用秩和检验的P值进行筛选的同时,也可以加上组间差异倍数来进行进一步的筛选。默认1,也就是不考虑差异倍数。


(4)输出图表:默认输出excel结果、柱状图,可选择输出热图。

输出结果

diff_stat.xls: 差异变量统计表
diff_stat.pdf/png: 差异变量统计柱状图矢量图/标量图
A-vs-B.wilcox.all.xls: 差异检验结果
A-vs-B. Wilcox.filter.xls: 显著检验差异结果
A-vs-B.DE.heat map.pdf/png: 差异结果热图矢量图/标量图




例子: 差异检验表格文件  组间比较文件  分组信息文件  



结果展示:(作图时勾选了热图会有相应的图表生成)

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部分结果图片:

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