扫码支付更轻松
功能：
非度量多维尺度分析(non-metric multi-dimensional scaling, NMDS),是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。NMDS是非线性模型，适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据， 其设计目的是为了克服线性模型（包括PCA、 PCoA）的缺点，更好地反映生态学数据的非线性结构。
输入：
（1）丰度表格或者样本距离矩阵为必输入文件，两者二选一。其中丰度表格可为OTU丰度表格，也可以是物种或者某功能丰度表格
（2）如果有分组信息，请输入样本分组信息表。单样本最多支持两种分组信息，如A样本同时属于病人分组，也属于成年人分组。注意此文件一定要有表头，可以参考示例文件。
（3）所有表格格式支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
参数：
（1）点大小：可任意选择点大小（工具默认为3）
（2）组名称：可自定义分组名称，其中输入内容仅限英文、数字
（3）点的透明度：为了防止点重叠看不清，可以设置点的透明度
输出：
nmds_sites.xls：记录样本在NMDS1、NMDS2等各个维度上的位置。
nmds_plot.pdf/png: NMDS图 （默认输出NMDS1-NMDS2、NMDS1-NMDS3、NMDS2-NMDS3三种图形）
原理：
(1)在输入OTU丰度表情况下，工具默认算出每个样本中OTU的相对丰度信息，然后计算样本间的Bray-Curtis距离（R），最后进行NMDS计算（R）及作图（ggplot2）。
(2)如果直接输入样本间距离（例如unifrac等），工具直接根据所输入距离类型进行分析和作图。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
案例1：
发表期刊：Environmental Science & Technology
影响因子：11.4
发表时间：2023
Figure 2. Microbial composition (A), and the intergroup difference (C) in seawater after 60 days of HTO, C-14 exposure.
引用方式：The OmicShare platform was used for clustering heatmaps, NMDS, and RDA analysis (https://www.omicshare.com/tools/).
参考文献：
Lai J, Li Z, Wang Y, et al. Tritium and Carbon-14 Contamination Reshaping the Microbial Community Structure, Metabolic Network, and Element Cycle in the Seawater Environment[J]. Environmental Science & Technology, 2023, 57(13): 5305-5316.
案例2：
发表期刊：Applied Biochemistry and Biotechnology
影响因子：3.0
发表时间：2022
Fig 4. Differences in relative abundance of microbial community on OTU level shown by non-metric multidimensional scaling (NMDS)
引用方式：High-throughput sequencing data were analyzed using the OmicShare tools (https:// www. omics hare. com/ tools).
参考文献：
Wang Q, Wang R, Wang C, et al. Effects of cellulase and Lactobacillus plantarum on fermentation quality, chemical composition, and microbial community of mixed silage of whole-plant corn and peanut vines[J]. Applied Biochemistry and Biotechnology, 2022, 194(6): 2465-2480.
案例3：
发表期刊：Water Research
影响因子：12.8
发表时间：2020
Fig. 3. Nonmetric multidimensional scaling (NMDS) analysis of membrane biofilm and sludge samples based on weighted Uni-Frac distance. The numbers from 1 to 4 refer to the sampling time of the 37th, 64th, 124th and 160th days.
引用方式：The beta diversity was analyzed based on weighted Unifracdistance calculating the total OTUs (Chang et al., 2011) and visualized by non-metric multi-dimensional scaling (NMDS) using OmicShare tools (http://www.omicshare.com/tools).
参考文献：
Wang H, Liu Z, Luo S, et al. Membrane autopsy deciphering keystone microorganisms stubborn against online NaOCl cleaning in a full-scale MBR[J]. Water Research, 2020, 171: 115390.