扫码支付更轻松
一. 数据整理与上传
通过“说明”和“示例文件”两处查看数据格式，按要求整理。点击“选择文件”上传整理好的数据。
二. 参数选择与提交
根据自身需求进行参数选择，最后提交任务即可。
注：①硬阈值及软阈值区别详见“说明”部分。
②权重范围请根据 研究需要 及 文件实际数据 自定义设置。
三. 结果查看
在“我的项目”中点击“预览”、“跳转查看” 或 工具页面下拉选择项目编号 可进入自定义调整界面：
四. 结果调整
布局调整：
更多调整操作方法详见：网络图自定义调整操作教程
五. 图形下载
提供svg、pdf矢量图及png三种格式下载，点击“下载”图标选择格式下载即可。
功能：
将基因间的调控互作关系绘制成一个有权重的网络图。
输入：
①需要输入一个边界文件。支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
②边界文件格式说明:边界文件至少包含三列，其中，
第一列和第二列为基因名称或基因ID，在同一行中，表示第一列的基因和第二列的基因有相互作用关系(没有方向的区分)。第三列为权重，即两个基因间的相关系数。
在权重网络图中，不同的权重将用不同的线条类型表示。之后还可以有其他数据，比如基迪奥WGCNA结题报告中给出的cytoscape配置文件edge文件，总共有六列。
边界文件必需包含表头，表头可以自定义，如：fromNode, toNode, weight
参数：
①连通性：连通性的计算方法有硬阈值和软阈值两种方法。硬阈值是指一个基因与多少个基因有联系。例如基因A总共与10个基因有相互作用，则基因A的连通性为10。软阈值是指一个基因与其他基因的相关系数（权重，weight）的总和。例如基因A与基因B 的权重为0.2，与基因C的权重为0.3，与基因D的权重为0.5，则基因A的连通性为0.2+0.3+0.5=1。
②权重范围：可自行设置权重范围，展示特定权重范围下的基因间调控关系。 注意：如果连通性方法选择的是硬阈值，则是先筛选权重范围再在这个范围内计算基因的连通性；如果连通性方法选择的是软阈值，则是先计算每个基因的连通性后再筛选权重范围进行展示。
输出：
输出一个可以编辑的网络图。自行编辑后，可以保存为png, pdf, svg格式。同时输出连通性的颜色图例，可以另行下载，格式为.svg。
Q1. 为什么运行完成但没有结果？
实际数据的相关系数不在设定的权重范围内。
平台默认权重范围（0.5-1.0）,请检查实际文件的相关系数是否在此范围内。
注意：权重范围必须需要根据文件及实际分析设置。通常我们关注的是权重较大、相关关系较强的基因间共表达关系
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
案例1：
发表期刊：PeerJ
影响因子：2.7
发表时间：2019
Figure 4: CeRNA network centered on CACS8, LINC01842 and VPS9D1-AS1 in LUAD.
引用方式：
Furthermore, the lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA networks were constructed and visualized using OmicShare tools (www.omicshare.com/tools/Home/Soft/cytoscape).
参考文献：
Wang X, Su R, Guo Q, et al. Competing endogenous RNA (ceRNA) hypothetic model based on comprehensive analysis of long non-coding RNA expression in lung adenocarcinoma[J]. PeerJ, 2019, 7: e8024.
案例2：
发表期刊：Aquaculture Research
影响因子：2.0
发表时间：2019
Fig 4.The distribution of SCFA producing microbes. (a) Heatmap displaying the distribution of SCFA producing microbes in the intestines of fish fed different diets. (b) Correlation network of potential SCFA‐producing microbes, as determined by the Spearman’s rank correlation analysis.
引用方式：Heatmap and correlation network analyses were plotted using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (www.omicshare.com/tools).
参考文献：
Li Z, Zhang X, Aweya J J, et al. Formulated diet alters gut microbiota compositions in marine fish Nibea coibor and Nibea diacanthus[J]. Aquaculture Research, 2019, 50(1): 126-138.
案例3：
发表期刊：Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine
发表时间：2018
Fig 7.A target-pathway network (T-P) was displayed, signal transduction in environmental information processing.
引用方式：In this research, pathway enrichment analysis was performed by using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (http://www.omicshare.com/tools/).
参考文献：
Song Z, Yin F, Xiang B, et al. Systems pharmacological approach to investigate the mechanism of Acori Tatarinowii Rhizoma for Alzheimer’s disease[J]. Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, 2018, 2018.