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第19期在线交流cytoscape介绍与实操【视频】

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    发表于 2016.6.13 15:19:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
       第19期在线交流
    “cytoscape介绍与实操演示”



    转录因子P53可以调控哪些靶基因转录?microRNA miR-334可以沉默哪些mRNA?蛋白激酶MAPK可以磷酸化哪些蛋白?这些基因与基因间的调控互作关系的预测和验证,是分子生物学研究的重要目标。机体中,数量庞大的基因相互作用,就构成了基因调控网络。伴随高通量测序技术和生物信息学技术的发展,大规模预测基因调控关系成为可能。

    在基因调控关系研究中,我们常常还需要面临1个问题:如何将这些抽象的基因互作关系可视化,便于研究人员和读者能够利用图形快速从这些复杂的调控关系中理清头绪。cytoscape就是一款非常著名的调控网络可视化工具,频频出现在调控关系研究的SCI论文中。

    本期的Omicshare在线课堂,就给大家介绍这款软件的使用方法,课程提纲如下:


    1.  基础理论介绍,主要针对调控网络的基础知识、概念进行介绍。主要内容包括:
    1.1 基因表达调控网络的概念、特点;
    1.2 常见的基因调控网络构建方法简要介绍;
    1.3 基因调控网络可能涉及的组学;
    PPT下载:


    2.  cytoscape软件实操教程,对cytoscape的操作使用进行演示。主要内容包括:
    2.1 cytoscape软件简绍;
    2.2 通过范例1给大家介绍数据导入、图形样式调整、基因挑选过滤;
    2.3 通过范例2给大家介绍如何将表达谱的数据信息整合到基因调控网络中;
    PPT下载:

    相关软件下载:
    32位java程序下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1uxP7sqrv1443V4o19Gy5-A 密码:qg0u
    64位java程序下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1XeJb_a-MT7mblzfwAwS5lA 密码:0ufv

    cytoscape软件下载:
    32位cytoscape下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1qzLsE5qn4fWvoU_m4vA-Zg 密码:ijo0
    64位cytoscape下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1eRAK0TW 密码: rj5s

    案例练习资料下载:
    案例1资料下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1qYeSmYg 密码: 1frp
    案例2资料下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1jIxvt2I 密码: cb39

    备注:
    视频1包含课程提纲中1~2.1的内容;
    视频2包含课程提纲中2.2范例1的内容;
    视频3包含课程提纲中2.3范例2的内容;



    请注意!!本次在线交流以论坛答疑形式举行。
    大家观看视频后有疑问请在楼下跟帖提出。我们将不另安排时间答疑。

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     楼主| 发表于 2016.6.13 15:27:49 | 显示全部楼层

    视频1:cytoscape基础理论介绍
    视频内容包括:
    1.1 基因表达调控网络的概念、特点;
    1.2 常见的基因调控网络构建方法简要介绍;
    1.3 基因调控网络可能涉及的组学;


    http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=14




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     楼主| 发表于 2016.6.13 15:29:17 | 显示全部楼层
    视频2:cytoscape实操案例1

    视频内容包括:通过范例1给大家介绍数据导入、图形样式调整、基因挑选过滤



    案例1资料下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1qYeSmYg 密码: 1frp



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     楼主| 发表于 2016.6.13 15:45:24 | 显示全部楼层
    视频3:cytoscape实操案例2

    视频内容包括:通过范例2给大家介绍如何将表达谱的数据信息整合到基因调控网络中



    案例2资料下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1jIxvt2I 密码: cb39





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    给力!!~~
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    太好了! 一定要学习学习! 谢谢呀!赞赞!
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    实用!!赞一个!
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    很好的资料,老师辛苦了。
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    感谢,很有用,谢谢分享
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