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【主题帖】OS Tools - 韦恩图的使用说明与详细解读

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  • TA的每日心情

    2016.7.22 09:19
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    发表于 2016.6.3 15:56:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
    本帖最后由 基迪奥-小师兄 于 2018.12.11 11:09 编辑

    一、韦恩图介绍
    韦恩图(Venn Diagrams)是一种常用的展示“集合关系”的方法。在高通量测序数据分析当中,韦恩图常常被用于展示不同样本(或数据库)间共有的或特有的基因、miRNA、lncRNA等信息。
    维恩图一般由2-5个集合组成,即集合A,B,(C,D,E),每个集合以一种颜色表示。如图1所示,黄色部分代表集合A,紫色部分代表集合B,两种颜色重叠部分代表A与B的交集(以A∩B表示),单独黄色或紫色部分分别代表A或B中特有的信息。

    1. 由两个集合组成的韦恩图

    二、OS-Tools韦恩图使用方法
    OS-Tools韦恩图的制作过程主要分为 “数据准备-操作-数据下载” 三部分。以两组转录组数据为例进行解释。第一组是样本在10℃条件下处理的实验组和对照组的差异表达基因,第二组是25℃下的差异表达基因。


    1. 不同温度下的两组实验
      
    10℃
      
    25℃
    处理组
    处理组
    对照组
    对照组

    1.     数据准备
    把所有要比较的数据整理到一份表格当中,有多少组数据需要比较,表格就有多少列,每一列包含表头和各个项目信息。(需要注意的是,OS-tools中的维恩图工具可处理两组以上数据,如果分组在2-5,结果为韦恩图;如果分组在6或以上,结果为花瓣图。)。
    以上面为例,利用上面两组差异基因数据,整理出如图2的两列表格。其中,第一列代表10℃的差异基因,第二列代表25℃的差异基因。

    图2. 10℃和25℃的差异基因列表

    2.     操作
    打开韦恩图界面后,有两种上传数据方法。
    第1种:直接复制表格中数据(带表头),按列粘贴到数据框中。
    第2种:把步骤1中准备的文件另存为txt文本格式,直接点击“选择文件”然后上传。
    上传完数据后,点击上交,就可以等待制图完成(以小师妹的话来说,就是等着收菜)。

    3. 韦恩图制作工具的操作说明

    3.     查看和下载结果
    运行完毕后,点击结果预览,出来的结果是一个动态的交互界面。这个界面可以随着我们的点击而变化。随着点击韦恩图中不同区域,会呈现出每个区域的基因数量,基因ID等信息。


    4. 韦恩图结果展示

      当然,我们也可以将结果直接下载。点击下图红色方框就可以下载svgpng格式的韦恩图。同时,我们还可以直接下载韦恩图具体的数据(每个集合中的基因ID),只需要点击“查看结果”。

    5. 结果下载操作

    点击后跳出的文本文件如下。红色方框是每个集合的具体信息。 以第一个方框为例,“01”代表集合的逻辑。其意义就是第二组特有的基因集。第一数字是0,代表这个集合没有第一组数据集的基因(10度差异表达的基因)。第二个数字是1,代表这个集合有二组数据集的基因(25度差异表达的基因)。“25_centigrade”代表这个集合的名称。“164”代表这个集合的基因数量。

    6. 韦恩图各集合数据展示

    三、应用实例
    只要关于2-5组之间的数据共有/特有部分挖据,我们都可以利用韦恩图实现,具体可以用于寻找不同数据库或处理组的共有(或特有)基因、lncRNA、miRNA、siRNA等,只要按照我们规定的格式整理输入文件即可。


    四、引用
    由于OS-tools目前还没有发表文章(在我们计划中)。如果大家发表的文章中要引用OS-tools,可以采用以下方法引用:  
    (1) 如果你使用了OS-tools多个工具,比较宽泛的引用说明可以使用以下说法:
    XXXX analysis was performed using theOmicShare tools, a free online platform for data analysis (www.omicshare.com/tools)
    (2)如果你单就绘制韦恩图进行引用说明,可以更具体一些:
    Venn Diagrams were plotted usingthe OmicShare tools, a free online platform for data analysis (www.omicshare.com/tools)


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    发表于 2016.6.3 19:43:18 | 显示全部楼层
    收藏!~
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    写的不错
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    发表于 2016.6.6 16:45:59 | 显示全部楼层
    哦哦
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  • TA的每日心情

    2017.4.30 10:09
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    发表于 2016.6.7 08:37:39 | 显示全部楼层
    留着备用   
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.7 10:57:49 | 显示全部楼层
    什么时候出个KEGG PATHWAY富集的主题帖啊?
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  • TA的每日心情

    2016.7.22 09:19
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    发表于 2016.6.7 16:00:01 | 显示全部楼层
    dabaouc 发表于 2016.6.7 10:57
    什么时候出个KEGG PATHWAY富集的主题帖啊?

    已经在写了,但其实和GO的大同小异,现阶段如果有需要可以参考我们GO的说明贴
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  • TA的每日心情

    2017.4.30 10:09
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    发表于 2016.6.7 16:05:10 | 显示全部楼层
    基迪奥-小师兄 发表于 2016.6.7 16:00
    已经在写了,但其实和GO的大同小异,现阶段如果有需要可以参考我们GO的说明贴 ...

    哦哦  好的  
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  • TA的每日心情

    2016.5.19 10:21
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.7.4 16:34:06 | 显示全部楼层
    dabaouc 发表于 2016.6.7 10:57
    什么时候出个KEGG PATHWAY富集的主题帖啊?

    http://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.html
    有问题请发贴提问
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.8.8 15:51:34 | 显示全部楼层
    怎么样修改颜色啊
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  • TA的每日心情

    2016.7.22 09:19
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    发表于 2016.8.10 11:12:41 | 显示全部楼层

    暂时应该还不可以
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    发表于 2016.8.11 13:36:53 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    回复,学习
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.10.2 16:25:30 | 显示全部楼层
    太棒了
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.10.8 09:33:09 | 显示全部楼层
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    2016.12.29 15:19
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    发表于 2016.10.25 11:57:17 | 显示全部楼层
    怎么修改颜色的?上面不是有可以修改颜色 吗?我直接输入:black?red?

    点评

    在结果页面,有修改颜色的选项。  发表于 2016.10.25 13:04
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  • TA的每日心情

    2017.12.1 18:42
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    发表于 2016.10.27 16:30:53 | 显示全部楼层
    直接导入Excel文件就可以?
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