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[转录组] 无生物学重复差异分析怎么选择?

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.1 11:15:27 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    用DESeq2做差异分析,如果没有生物学重复怎么做?取样时间点:一对照组(0,2,24h),条件一(2,5,24,72h),条件2(0,2,5,24,72h),还有像这种取样时间该怎样选取两两做差异分析?
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.1 11:38:43 | 显示全部楼层

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    做差异分析,建议在单因素条件下进行,因此,对照和处理之间,要在相同的时间下进行比较。这样看来,你这个实验不满足。那么,我建议你先抛开时间的因素,把相同的处理下的样品当做生物学重复来计算样品间的相关系数,如果处理间差异较大,处理内不同时间点的差异较小,那么,就按照这个思路走下去,否则,坐等大神回复。

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    发表于 2016.6.1 11:58:15 | 显示全部楼层

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    这种情况不应该考虑样本两两比较
    既然是时间序列应该从表达模式下入手
    =================
    我的建议是:
    1. 所有样本两两间差异表达分析,或者根据所有样本的表达量提取CV超过某个阈值,比如0.2的基因
    2. 针对上述获得的表达量矩阵,做表达模式比较,可以使用Kmeans或者STEM等工具,全部样本一起分析提取感兴趣的模式,当然最好还是对照的,挑取模式,处理的挑取模式
    3. 根据生物学意义,对所有模式的基因集合进行比较分析
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.1 12:33:49 | 显示全部楼层

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    a) 0 2 24h 做三组内的两两比较,取差异基因并集做kmeans或者stem
    b) 5 72h两者比较
    c) 比较分析a b的结果
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  • TA的每日心情
    奋斗
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    发表于 2016.6.1 13:03:37 | 显示全部楼层
    dabaouc 发表于 2016.6.1 04:33
    a) 0 2 24h 做三组内的两两比较,取差异基因并集做kmeans或者stem
    b) 5 72h两者比较
    c) 比较分析a b的结 ...

    条件1没有0啊
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    发表于 2016.6.1 13:19:21 | 显示全部楼层
    (1)Deseq2可以分析没有重复样本的差异分析;
      另外,Omishare-tools的差异分析工具本周就推出了,也可以分析无重复的样本。

    (2)你的实验设计不对称,建议把一些特异的时间点数据先丢弃了,便于文章撰写和讨论
    (3)后期的对样本分析,参考3楼的建议。
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    难过
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     楼主| 发表于 2016.6.1 15:50:03 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.1 13:19
    (1)Deseq2可以分析没有重复样本的差异分析;
      另外,Omishare-tools的差异分析工具本周就推出了,也可以 ...

    周老师,实验数据是实验室之前的,我再确认了一下这个数据。分别是两个批次做的,第一个批次做的是处理一0,2,24h,第二批次做的是对照和处理二分别0,2,5,24,72h(0小时是共同的,只测了一个样),测序平台都是Hiseq2000。按理来说,两个批次培养到接种之后的0小时取样条件是一致的,但是做PCA分析的时候发现两个批次的0h没有聚在一起。
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     楼主| 发表于 2016.6.1 15:58:52 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.1 11:58
    这种情况不应该考虑样本两两比较
    既然是时间序列应该从表达模式下入手
    =================

    谢谢,再问一下,不同批次的转录组数据能做表达模式吗?还有就是你所说的CV是什么意思?
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     楼主| 发表于 2016.6.1 16:04:06 | 显示全部楼层
    小鱼刺 发表于 2016.6.1 11:38
    做差异分析,建议在单因素条件下进行,因此,对照和处理之间,要在相同的时间下进行比较。这样看来,你这个 ...

    谢谢。你所说的相关系数可以用什么方法做?我做了PCA分析,它们的聚类并不是处理的聚在一起。
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    发表于 2016.6.1 17:09:51 | 显示全部楼层
    Lizd 发表于 2016.6.1 15:58
    谢谢,再问一下,不同批次的转录组数据能做表达模式吗?还有就是你所说的CV是什么意思? ...

    不同批次的,定然试试有批次效应的
    看你的实验设计,似乎不适合做批次效应矫正
    如果要进行矫正
    ==========
    CV 变异系数
    ==========
    请参考
    R包-SVA的combat函数
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    发表于 2016.7.13 00:05:45 | 显示全部楼层
    成对数据t检验或用DESeq做成对数据检验
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     楼主| 发表于 2016.7.13 17:01:32 | 显示全部楼层
    zhangfei-123@fo 发表于 2016.7.13 00:05
    成对数据t检验或用DESeq做成对数据检验

    谢谢
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    草履虫

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    发表于 2017.1.11 22:54:50 | 显示全部楼层
    @Wuii, 请问这个变异系数 应如何算出来,在DESeq2包中。
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