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[动植物重测序] LD计算对于群体选择策略的建议

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    发表于 2019.3.16 11:00:27 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    大家好,新生生信小小只~最近想对从公共数据库获得的关于某物种的基因组数据进行LD分析,看一下其重组的几率。我想请教一下各位老师、大神们,是对来自不同地方的所有样本进行SNP提取计算LD还是分别计算呢?对于群体选择上有没有什么建议的策略?
    提前拜谢~
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    发表于 2019.3.16 11:47:43 | 显示全部楼层
    SNP提取计算LD
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     楼主| 发表于 2019.3.16 16:52:25 | 显示全部楼层

    感谢回复,不过我的问题是针对提取SNP 的群体,因为LD受群体大小的影响是比较大的,那么针对群体的规划上,有没有一个可参考的建议呢?比如,是所有样本一起计算,还是根据某一信息分群体,然后针对每个群体进行计算?如果分群体的话,每个群体的最低数量有没有要求呢?
    谢谢!
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