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[软件使用] 介绍一种简单的韦恩图绘制方法

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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.3.14 09:23:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在之前的《韦恩图的绘制与个性化调整》《如何绘制漂亮的“花瓣”韦恩图?》两篇文章已经为大家展示了OmicShare韦恩图工具的强大功能,当你的数据超过5个sets之后,OmicShare默认绘制漂亮的“花瓣”韦恩图,如下。




    从上图也可以看出,韦恩图不同于常见的图表,没有明确的坐标系,常规的科研作图软件一般都无能为力。就算是功能强大Origin,在它的Plot菜单也找不到相应的功能。 其实,Origin也可以实现韦恩图的绘制,下面就看下如何用Origin绘制韦恩图吧!
    图表绘制

    如果绘制两组(两列)数据的韦恩图,只需选中数据后,点击Apps窗口的Venn Diagram 图标,如下图,在弹出的小窗口后点OK即可。



    得到的2个sets的韦恩图是下图这样的:



    如果是画3个sets的韦恩图,需要注意勾选Use Classic Background ,这样画出的韦恩图的图形“圆形”的,如下图,如果不勾选,图形是矩形(大家可以尝试)。需要注意的是,2个sets的韦恩图的“圆形”大的大小是与数据的大小关联的,也就是说大多数情况下,圆的大小是不一样的。



    3个sets的韦恩图初绘制始结果是下图这样子的:



    图中的圆括号中类似二进制的数字表示不同分组的包含关系,1表示包含,0表示不包含,位置表示所在的分组。Origin同时也会列出每个子分组的元素,如下图。



    如果不喜欢括号中的内容,也可以将其改为其他信息或者直接删掉。在Origin的Graph窗口中似乎很难修改(期待新版本改进),但可通过更改生成的VennPlot表中的数据直接更改图表的数据标签,如下图。



    如果是4组(如下图)或5组数据,数据较多时,可将数据粘贴到Excel中,通过查找替换“\p70*”为空值,然后按F5选中所有空行删掉,再粘贴回Origin即可快速完成删除。



    如果不满意配色,也可以自定义椭圆的填充颜色和边框颜色,如下图。保持边框颜色与填充颜色一致会更和谐一点,有一种“金丝”的感觉,当然把边框颜色改为白色或黑色也是不错的选择。



    效果如下:



    数据准备
    一般来说,数据准备在图表绘制过程中往往需要花费大量的时间。而Origin的数据筛选功能会帮你轻松完成数据准备工作。本文的原始数据为4个处理的OUT丰度表,如下:



    我们这里需要筛选出做图所需的数据(tag数不小于1的OTUs),这里我们用到Origin的数据筛选功能,方法其实在《边际分布曲线图的绘制》这篇文章已经介绍过,选中B列,点漏斗工具,为该列添加过滤器(灰色的漏斗),然后点灰色的漏斗选择GreaterThan...菜单,如下图。



    这里的筛选条件设为大于等于1,如下,即可完成筛选,之后将筛选到的OUT ID复制到一个新表中即可,接下来只需要取消筛选(Clear filter)后,对其余的几列重复上述操作即可,具体方法可参考《边际分布曲线图的绘制》。


    Apps安装
    Origin的强大之处在于有很多官方插件(Apps),例如本文用到的Venn Diagram 插件。本文用到的插件和示例数据已经上传到OmicShare论坛,在论坛搜索“韦恩图”可以下载。插件的安装方法很简单,只要将.opx的文件拖到打开的Origin窗口即可。 更多的Origin视频教程可到Omicshare课堂观看。如果你是Origin小白,恰巧明天下午4点有时间的话,也可以参加第65期OmicShare在线课堂,点击 课堂 提前报名,建议提前安装好软件~

    本期课程主要内容:
    1.热图绘制与色条个性化调整
    2.主成分分析(置信椭圆的添加)
    3.双Y轴图表绘制
    4.三元气泡图的绘制

    时间:2019年3月14日(星期四),下午4点主讲人:基迪奥 莫北


                   

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    发表于 2019.3.14 16:35:37 | 显示全部楼层
    李老师给力。终于知道怎么删括号里的数字了
    我研究了好久怎么删。最后只好输出PDF用AI删掉 Σ( ° △ °|||)︴
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     楼主| 发表于 2019.3.15 09:58:07 | 显示全部楼层
    zooooooe008 发表于 2019.3.14 16:35
    李老师给力。终于知道怎么删括号里的数字了
    我研究了好久怎么删。最后只好输出PDF用AI删掉 Σ( ° △ °||| ...

    嘻嘻,这篇不是我写的。是莫北写的
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  • TA的每日心情

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    太给力了
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  • TA的每日心情

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