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[R语言] 你的文章中至少要1张看起来高大上的图吧?

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    发表于 2019.1.16 09:24:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
    前段时间,交流群(群号:154447756)有网友问如何给散点图添加回归线和“等高线”,如下:
      


    在散点图上添加“密度曲线”,除了可以直观显示出点的密集程度,还可以让你的散点图显得“高大上”,就像PCA散点图上加上置信区间“椭圆”一样。无论如何,你的文章或答辩PPT中至少有一张看起来很牛X的图吧?

    由于手边没有Selective sweep analysis相关的数据,今天随便用个点数量较少一点的散点图,给大家分享一种用ggplot2给散点图上添加“等高线”的方法,如下:
    #加载所需的R包
    library(ggplot2)
    library(RColorBrewer)
    #导入数据
    dt<-read.table("ma.txt",header = T,sep ="\t")
    head(dt)



    #绘制散点图
    p1<-ggplot(dt,aes(x=A,y=log2FC))+geom_point(aes(colour=A),colour="black",size=0.2,alpha=0.3)
    p1


    #添加回归线
    p2<-p1+geom_smooth(method =lm, se = F,colour="black",size=0.5)
    p2


    #在散点图上添加“等高线”
    p3<-p2+stat_density_2d(aes(colour=..level..))
    p3


    #自定义渐变颜色
    p4<-p3+scale_colour_gradient2("",low ="blue",mid ="red",high="yellow",midpoint =0.045)
    p4


    #当然也可以用R自带的渐变颜色,heat.colors()、cm.colors()等;
    p5<-p3+scale_color_gradientn(colours=topo.colors(7))
    p5


    p6<-p3+scale_color_gradientn(colours=rev(rainbow(7)))
    p6


    p7<-p3+scale_color_gradientn(colours=terrain.colors(7))
    p7

    #隐藏图例,更改图表主题,也可将图例置顶:
    legend.position="top"p7+theme_bw()+ theme(panel.border = element_blank(),                     
    legend.position ="none",                     
    panel.grid.major = element_blank(),                     
    panel.grid.minor = element_blank(),
    axis.line = element_line(size =0.4, linetype ="solid",                                             c
    olour ="black"))

    更改主题后,图表的最终效果如下:

    本文的数据可通过点击 这里 下载。今天的内容就到这里啦~

    参考文献
    Arnold B J, Lahner B, DaCosta J M, et al. Borrowed alleles and convergence in serpentine adaptation[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016, 113(29): 8320-8325.

    本文作者:基迪奥莫北

                   

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    发表于 2019.1.16 10:08:33 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2019.1.16 14:04:25 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2019.1.16 10:08
    每天都要顶一顶

    优秀
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  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.28 09:16
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    发表于 2019.1.16 15:22:28 | 显示全部楼层
    高大上!
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    发表于 2019.1.16 22:19:09 | 显示全部楼层
    厉害了
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  • TA的每日心情
    no
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    发表于 2019.1.23 09:27:01 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.1.25 11:13:04 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2019.1.25 16:40:54 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.1.28 16:14:21 | 显示全部楼层
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