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基迪奥合作客户文章10-11月发文38篇!

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    发表于 6 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
    10 -11月,收获的季节,基迪奥合作客户共发表文章38篇,累积IF达140+,在这里和大家分享我们精选的9篇文章,包含了中心法则的各个过程,涵盖了DNA、mRNA、ncRNA、最新的翻译组以及蛋白和代谢,如梨树简化基因组、细菌、病毒的基因组组装,肠道微生物16S rDNA;苜蓿mRNA;人鳞状细胞癌circRNA;IF=12的人瘤细胞翻译组;IF=9的海带转录+蛋白;桃转录+代谢。
    1梨树遗传图谱及基因组优化


    研究物种:梨树
    相关组学:DNA
    发表期刊:BMC Genomics  IF=3.73
    合作单位:中国农业科学院郑州果树研究所  
    研究目的:梨树基因组尽管已经发表,但文章作者只公布了Scaffold级别的基因组,染色体级别的参考基因组一直没有直接发布。研究用自己的遗传图谱数据对已经公布的梨树scaffold数据进行拼接,从而得到更高质量的染色体级别的参考基因组。
    实验方法:两个梨树杂交的CP(F1)群体MH(345株个体)和YM(162株个体)进行GBS测序,构建遗传图谱。
    结果:在去除冗余标记后,两个图谱的最终上图标记的数量分别为2606和2489个。将3个图谱进行整合(图1),锚定到染色体的scaffold长度进一步提高到基因组大小的78.8%。且能确定方向的scaffold占到了基因组的74.5%。在详细比较各个染色体后,发现新版的基因组可以有效纠正原参考基因组的多个错误。

    图1 共线性分析


    2蝴蝶兰病原细菌三代基因组


    研究物种:细菌Dickeya sp.PA1
    相关组学:DNA
    发表期刊:BMC Genomics  IF=3.73
    合作单位:广东省农业科学院   
    研究目的:Dickeya中有6个种是许多作物软腐病的病原菌。蝴蝶兰是我国重要的室内兰花,研究分离获得Dickeya sp.PA1,归为一个新种,探究PA1的毒力、进化等特征。
    实验方法:Dickeya sp. PA1菌株PacBio RS II测序。
    结果:组装获得全基因组4,979,223 bp,包含4269个蛋白编码基因,构建了完整的PA1基因组结构(图1)。并与其它近缘物种进行了共线性分析,比较基因组结果进一步暗示了PA1的基因迁移、分泌系统、毒力基因等特征。


    图2 病原菌基因组圈图


    3牡蛎疱疹病毒二代+三代基因组


    研究物种:病毒 Ostreid herpesvirus
    相关组学:DNA
    发表期刊:Virology  IF=3.374
    合作单位:黄海水产研究所                     
    研究目的:牡蛎疱疹病毒是世界范围内海洋软体动物培养的严重病原菌,但很难在体外分离纯化出单菌株,难以满足高通量测序的高纯度DNA量。研究使用经大片段扩增测序后获得基因组序列并进行探究。
    实验方法:10 份贝壳纲感染样品,经长片段引物扩增后,进行二代+三代测序,组装病毒基因组。
    结果:研究首先基于参考基因组设计了23对长片段引物,再用扩增子测序组装。PacBio组装获得2个scaffold,illumina获得9 - 68个scaffold。基因组比较分析(图2)揭示了病毒遗传信息的多样性,系统发育分析暗示宿主物种对病毒进化有影响,而非空间差异。


    图3 组装序列与参考物种比较

    4苹果吉丁虫生长阶段和饮食变化与肠道微生物的关联


    研究物种:肠道微生物 相关组学:16S + ITS发表期刊:Scientific Reports  IF=4.259                           
    合作单位:西北农林科技大学 研究目的:苹果吉丁虫危害野生果树的生长,研究分析其生长阶段和饮食与肠道微生物的关系。
    实验方法:野外苹果吉丁虫幼体、蛹、成体三个阶段,以及实验室垂丝海棠和苹果分别喂养的成体,共5组,每组取20个个体的肠道混合。分别进行16S和ITS测序。
    结果:随着个体的生长,其肠道微生物alpha多样性先增加,后降低。高丰度细菌和真菌有增加、降低、波动等趋势。不同饮食对肠道微生物群落结构也有较大差异,以16S与ITS相关性网络图(图3)呈现细菌真菌间的复杂关系。


    图4 16S与ITS网络图

    5两个品种苜蓿落叶性状差异


    研究物种:苜蓿 Medicago sativa
    相关组学:mRNA
    发表期刊:BMC Genomics  IF=3.73
    合作单位:内蒙古农业大学      
    研究目的:紫花苜蓿是一种广泛种植的饲料作物。苜蓿叶中蛋白质含量是决定苜蓿品质的关键因素。到目前为止,对紫花苜蓿落叶性状的分子机制尚不清楚。
    实验方法:Zhungeer品种(容易断叶)和WL319HQ品种(不易脱叶)叶组织,各三个重复混合,提取总RNA,转录组测序。
    结果:检测到66734个unigene,其中有706个差异基因上调,392个差异基因下调(图4)。有8414个unigene被注释到87条pathway中,包含了281个差异基因。6个差异基因属于类胡萝卜素合成、植物激素信号转导、生理节奏植物通路,通过RT-qPCR分析,鉴定并验证了与落叶相关的性状。


    图5 差异基因GO注释

    6鳞状细胞癌与正常细胞环状RNA表达差异分析



    研究物种:人口腔鳞状细胞癌
    相关组学:cricRNA发表期刊:Frontiers in Oncology  IF=4.416               
    合作单位:北京大学深圳医院
    研究目的:鉴定口腔鳞状细胞癌OSCC中差异表达的环状RNA。
    实验方法:OSCCs患者癌组织 (n = 8) 和癌旁组织对照 (n = 8),进行circRNA-seq。
    结果:测序结果共得到1921个已知circRNAs和10021个新circRNAs。大多数circRNAs来自外显子,并分布在1号和2号染色体中。差异表达分析鉴定了16种差异表达的circRNAs,8个上调,8个下调(图5)。其中,对另42对样本进行qRT-PCR验证发现,circ_000334,circ_006740和circ_006371在42对样品中表达显着下调,暗示这些circRNAs可能参与OSCC的发生和发展。


    图6 差异circRNA 火山图

    7经典lncRNA形成环状RNA翻译功能多肽


    研究物种:人  星形胶质细胞
    相关组学:翻译组
    发表期刊:Nature Communications   IF= 12.353      
    合作单位:中山大学附属第一医院

    翻译组测序

    一种可以精确定量样本中所有可翻译分子(经典的mRNA和其他潜在可翻译RNA分子)瞬间翻译量的技术。包含两类,1)核糖体新生肽链复合物结合的RNA测序(Ribosome nascent-chain complex-bound RNA sequencing,RNC-seq),也叫多聚核糖体测序,是富集测序多个核糖体结合的全长RNA; 2)核糖体印记测序(Ribosome footprints sequencing,Ribo-seq),是富集测序正在被核糖体结合的小片段RNA。 研究目的:合成circRNAs的可翻译、circRNAs的高稳定性、circRNAs在神经系统等方面丰富重要的调控功能……都暗示circRNAs的功能机制比我们认识的更复杂。哺乳动物中circRNAs在转录本中的比例很高。星形胶质细胞是人大脑中分布最广泛的一类神经细胞,研究以正常星形胶质细胞(NHA)和恶性胶质瘤细胞(U251)对比,探究cirsRNAs的功能机制。
    实验方法:NHA和U251分别进行RNA-seq和RNC-seq。
    结果:1)通过测序,共鉴定出15189个circRNAs(图6),其中RNA-seq获得7017个,RNC- seq获得12863个。经过一系列过滤筛选,发现有一个circRNA的来源基因LINC-PINT,有研究表明其与肿瘤抑制有关,是基因间长链非编码RNA,还没有研究证明LINC-PINT有编码功能。
    2)通过对circRNA形成机制验证、开放阅读框预测、多肽产物鉴定、功能机制分析等过程,研究证明了长链非编码RNA生成的内源性circRNA可以编码调控多肽,其产物87氨基酸(aa)肽,称之为PINT87aa可控制癌细胞的增殖和肿瘤发生。PINT87aa在胶质母细胞瘤中的表达较正常组织中表达降低,上调后可在体内外诱导肿瘤抑制作用。结果表明环状RNA翻译的多肽在生物学和临床应用中有重要意义,而在以往的认识中被低估了。


    图7 RNC-seq和RNA-seq中差异表达circRNAs火山图

    8海水酸化增加海带碘积累的机制


    研究物种:海带 Saccharina japonica
    相关组学:mRNA + 蛋白
    发表期刊:Global change biology  IF=8.997                  
    合作单位:黄海水产研究所  研究目的:海带是海洋生态系统中主要的碘积累者,海水CO2水平升高,即海水酸化有利于海带生长和光合作用,但对其碘代谢的影响及机制尚不清楚。
    实验方法:系列CO2浓度试验后,取400和1000μatm浓度下,中尺度海洋围隔生态系的孢子体样品,各三个重复转录组测序;各两个重复蛋白组iTRAQ分析。
    结果:1)在短期、长期中尺度海洋围隔生态系海带和其他海藻原位培养实验中,CO2促进生长和碘积累;2)转录组和蛋白组分析揭示,CO2增加后,在氧化压力下,影响碘流出的钒依赖加卤酶基因下调(图8),暗示海水酸化减轻了海带的氧化压力,促进了生长。3)同时,海带碘积累引起了捕食动物鲍鱼的碘积累以及甲状腺激素合成降低。结果暗示海水酸化增加海带和以海带为基础的食物网的碘积累,对近岸生态系统碘的生物地球化学循环有潜在作用。

    图8 样本基因表达量热图

    9木质素与桃果组织表面结构的关系


    研究物种:桃
    相关组学:mRNA+代谢
    发表期刊:Journal of agricultural and food chemistry  IF=3.412                     
    合作单位:青岛农业大学 研究目的:分析两种不同硬度的桃之间的代谢和基因表达差异以及每个品种桃成熟过程中的差异。
    实验方法:B为硬肉桃,H为软肉桃,每个品种3个时间点,每组3个生物学重复,每个重复10分中果皮组织样品混合,共18个样本,分别进行转录组和广靶代谢组分析。
    结果:质地是桃品质的重要组成部分。转录组分析表明,B桃比H桃的木质素合成相关的基因表达更高表达,特别是Pp4CL2, Pp4CL3, PpCOMT2。代谢组分析表明H桃花青素水平较高,H桃木素单体和乙烯前驱物含量较高。两个品种表皮之间的差异可能是苯丙酮代谢途径的两个分支的差异表达导致。H桃果实中,调控类黄酮的代谢具有较高的活性;B桃中调控木质素的合成代谢活性较高。


    图9 差异基因和差异代谢物总览

    参考文献
    [1] Xue H, Wang S, Yao J L, et al. Chromosome level high-density integrated geneticmaps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 833.[2]Zhang J,Hu J, Shen H, et al. Genomic analysis of the Phalaenopsis pathogen Dickeya sp.PA1, representing the emerging species Dickeya fangzhongdai[J]. BMC genomics,2018, 19(1): 782.[3Bai C M,Morga B, Rosani U, et al. Long-range PCR and high-throughput sequencing of Ostreid herpesvirus 1 indicate high genetic diversity and complex evolution process[J]. Virology, 2019, 526: 81-90. [4] Zhang Z, Jiao S, Li X, et al. Bacterial and fungal gutcommunities of Agrilus mali at different developmental stages and fed differentdiets[J]. Scientific reports, 2018, 8(1): 15634.[5]Cheng Q,Bai S, Ge G, et al. Study on differentially expressed genes related todefoliation traits in two alfalfa varieties based on RNA-Seq[J]. BMC genomics,2018, 19(1): 807.[6] WangY F, Li B W, Sun S, et al. Circular RNA expression in oral squamous cellcarcinoma[J]. Frontiers in Oncology, 2018, 8. [7] ZhangM, Zhao K, Xu X, et al. A peptide encoded by circular form of LINC-PINTsuppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 4475.[8] XuD, Brennan G, Xu L, et al. Ocean acidification increases iodine accumulation inkelp‐based coastal food webs[J]. Global change biology, 2018.[9] Wang Y, Zhang X, Yang S, et al. Lignin Involvement in ProgrammedChanges in Peach-Fruit Texture Indicated by Metabolite and Transcriptome Analyses[J]. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2018.


    本文作者:基迪奥小鱼儿      

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    基迪奥现在很厉害啊~
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    本帖最后由 hyyu 于 2018.12.7 16:39 编辑

    biubiubiubiubiu
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     楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
    adam19921016 发表于 2018.12.6 18:00
    基迪奥现在很厉害啊~

    老师们也很厉害~
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