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[lncRNA] bwa与hisat2比对结果差别很大

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  • TA的每日心情
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    2018.9.13 17:01
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    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

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    发表于 2018.11.23 17:32:54 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    同样的RNA-seq数据,分别使用bwa和hisat2比对,bwa比对率可以达到~90%,但是hisat2只有30%~40%,很想知道为什么?
    麻烦有知道的解释下,谢谢!
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  • TA的每日心情
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    2018.9.19 13:00
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    [LV.1]初来乍到

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    发表于 2018.11.23 17:53:57 | 显示全部楼层
    你应该截图,把你的问题细化;这样没法说明任何问题。可以读一下在Nature Communications上发表一篇文章
    《Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis》
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  • TA的每日心情
    害羞
    9 小时前
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    [LV.9]以坛为家II

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    发表于 2018.12.13 10:13:18 | 显示全部楼层
    你首先要确定用的是一套基因组或者数据。
    其次要明白不同软件参数的意义,以方便去调整。这俩软件其实差别不小。
    但是hisat 相对来说,在转录组这边用的还是挺普遍的,而且默认阈值也比较宽松。
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