查看: 134|回复: 4

[转录组] 关于差异基因数量和kegg,go富集结果

[复制链接]
  • TA的每日心情
    好棒
    6 天前
  • 签到天数: 5 天

    连续签到: 3 天

    [LV.2]偶尔看看I

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    1
    奥币
    49
    积分
    18
    注册时间
    2018.11.2
    在线时间
    2 小时

    发表于 6 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式

    马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    请问各位大佬,kegg和go富集结果和差异基因的数量存不存在一定的关联(差异基因越多,富集结果越理想)?
    我用edgeR分析出的差异基因比用deseq分析出的多不少,但是deseq筛选出的差异基因的kegg和go富集分析结果更为理想(
    Qvalue小于0.05的
    Pathway更多),请问这是正常的吗?该怎么去理解?

    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    前天 08:49
  • 签到天数: 22 天

    连续签到: 2 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    113
    积分
    77
    注册时间
    2018.10.19
    在线时间
    8 小时

    发表于 6 天前 | 显示全部楼层
    坐等大佬回答
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    前天 09:27
  • 签到天数: 435 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    19
    奥币
    4384
    积分
    1600
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    391 小时

    突出贡献优秀版主热心会员


    发表于 前天 09:36 | 显示全部楼层
    差异基因越多,富集出来的显著Pathway会越少。极端的例子,假设所有基因都是差异基因,那么富集出来pathway的Q值都不是显著性的。富集结果的理想,不应该用pathway数目的多少来判断,而是依据富集出来的Pathway能否解释实验背景。假如说富集出来都是脂肪代谢相关的,而你的实验是光合作用相关的处理因素,这怎么解释呢?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    昨天 17:56
  • 签到天数: 60 天

    连续签到: 11 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    207
    积分
    100
    注册时间
    2018.8.28
    在线时间
    20 小时

    发表于 前天 12:36 | 显示全部楼层
    同问
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2018.9.17 11:33
  • 签到天数: 99 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    4287
    积分
    4821
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    483 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 昨天 10:56 | 显示全部楼层
    基因多少 和 富集结果是否理想,没有必然联系。你可以根据富集分析的结果,选择用哪个差异分析的策略。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表