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[转录组] 关于差异基因数量和kegg,go富集结果

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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.11.9 10:57:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    请问各位大佬,kegg和go富集结果和差异基因的数量存不存在一定的关联(差异基因越多,富集结果越理想)?
    我用edgeR分析出的差异基因比用deseq分析出的多不少,但是deseq筛选出的差异基因的kegg和go富集分析结果更为理想(
    Qvalue小于0.05的
    Pathway更多),请问这是正常的吗?该怎么去理解?

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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.11.9 12:30:27 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.11.13 09:36:38 | 显示全部楼层
    差异基因越多,富集出来的显著Pathway会越少。极端的例子,假设所有基因都是差异基因,那么富集出来pathway的Q值都不是显著性的。富集结果的理想,不应该用pathway数目的多少来判断,而是依据富集出来的Pathway能否解释实验背景。假如说富集出来都是脂肪代谢相关的,而你的实验是光合作用相关的处理因素,这怎么解释呢?
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.11.13 12:36:31 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.11.14 10:56:38 | 显示全部楼层
    基因多少 和 富集结果是否理想,没有必然联系。你可以根据富集分析的结果,选择用哪个差异分析的策略。
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