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云平台动态交互PCoA工具上线啦

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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.10.11 09:24:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
    微生物多样性分析中,PCoA是非常好的展现形式,可以科学直观的呈现样品间群落结构的相似相异特征。在SCI文章应用中,绘制一张理想的PCoA图,需要调整很多参数,比如物种分类水平、距离模型……只有进行更多类型的尝试和对比,才可以获得最能揭示生物学问题的PCoA图。
    云平台已有的PCoA工具,可以完成PCoA的绘制。

    而最新上线的动态交互PCoA工具,功能更加强大,集数据探索和美化于一身,导入OTU丰度和物种注释总表,即可满足科研小伙伴们个性、高效的数据分析。
    工具网址:http://www.omicshare.com/tools/home/report/reportpcoa.html


    图1 动态交互PCoA工具位置展示

    如何满足的呢,我们分享动态交互的6大亮点如下:

    NO.1 排除错误数据、富集有效数据 ——OTU排名过滤

    由于测序等过程的影响,测序数据会有一定程度的偏差,所以信息分析之前会对数据进行质控。但是除了质量过滤,有不少文章还会进行更严格的数据过滤,也就是对低丰度的OTU进行过滤,因为低序列支持的OTU更有可能是测序错误等原因产生的。
    动态PCoA工具即可满足个性化的OTU排名过滤,便于进行不同阈值的尝试对比。统计每个OTU在所有样本中的总丰度,由高到低排序,如图2 vs 图3,使用动态工具取所有OTU和排名前100的OTU分别进行PCoA分析,发现三种不同处理(TA、TB、TC)和空白(CK)在图3中的分组效果优于图2,即前100 OTU的分析结果优于所有OTU的。可见OTU过滤对于数据分析有很大的影响,值得探索。


    图2 所有 OTU的PCoA分析



    图3 前100 OTU的PCoA分析

    NO.2 变换分析数据 ——门/纲/目/科/属/种/OTU各水平

    除了不同阈值的OTU过滤,不同物种分类水平的结果也有明显差异。在动态工具中可以快速进行不同水平的数据比较。如图4 vs图5,发现TA、TB、TC和CK在门等其他水平样本有交叉,而在种水平与预期一致,因此秒秒钟获得了重要信息——暗示处理效应在种水平有潜在影响。


    图4 门水平PCoA



    图5 种水平PCoA

    NO.3 切换统计模型 —— jaccard / bray-curtis距离

    接下来还可进行距离模型的探索,距离计算可以获得样本之间的差异程度,但计算模型不同,分析结果也会不同,我们可以根据需求选择合适的模型。如图6 vs图7,对比发现用bray距离分析时,PCoA1和PCoA2对样品差异有74%的贡献,而jaccard距离分析时,两坐标轴仅有64%的贡献。一般要求两个轴最低有50%的贡献,而70%以上被认为更有说服力。可见,选择bray距离更好。


    图6 bray-curtis 距离


    图7 jaccard距离

    NO.4 组合不同坐标轴 ——二维平面 or 三维立体;

    如图8,可对PCoA1/2/3 两两组合,展示不同坐标轴的PCoA图。动态PCoA工具同时提供三维立体PCoA。   

    图8 PCoA1/2/3两两组合 NO.5 动态美化 ——形状、颜色、透明度可变

    经过数据探索获得理想的PCoA图后,还可锦上添花,通过颜色、形状、大小的调整,增加分组间的对比,使图形更加美观(图9)。样点较多时,可能出现点的重合,这时我们可以调整透明度,更微妙的展现样品关系。还可在图形下载模块选择符合文章发表要求的图片大小和格式。



    图9 图形美化

    NO.6 动态距离热图

    工具将各分类水平下不同距离类型的样本间距离以热图展示,如图10,同时可进行颜色和边界的美化。


    图10 距离热图

    6大亮点说明,动态交互PCoA工具既可以进行OTU、物种分类、距离类型的变换,从而进行不同角度的数据探索,事实证明,这些参数的变化都会对PCoA图产生非常大的影响;还可以在获得理想的PCoA聚类关系后,美化下载,直接用于文章发表。 最后,除了静态和动态的PCoA工具,我们还有更强大的Omicsmart。比如,(un)weighted-Unifrac是基于序列计算距离的模型,可以从序列角度分析样本关系(bray和jaccard基于丰度);比如NMDS非线性模型(PCA、PCoA为线性模型),基于距离排名分析,可以更好地反映生态学数据的非线性结构……这些模型都可以在Omicsmart中进行。可登录www.omicsmart.com或者咨询当地销售。
    关于微生物多样性分析,感兴趣的小伙伴可以参加基迪奥10月的在线课堂(扫码加群学习),学习更深入的数据探索理论和实践,还可识别二维码加入Omicsmart交流群哦!     








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    发表于 2018.10.11 14:05:37 | 显示全部楼层
    先收藏,改天来学习
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.10.30 12:35:47 | 显示全部楼层
    表示我做完动态PCOA分析以后不显示二维和三维的图片和表格呀  这个怎么破呢?
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