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[转录组] 转录组测序的生物学重复性如何评估和解释

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帝王蝶

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发表于 2016.4.13 09:37:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

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两组样本RNA测序,每组设3个生物学重复。分析结果显示:重复样本间Pearson系数0.5左右,与对照组Pearson系数差不多(0.5左右),该怎么解释啊?是不是重复性不好?还有什么方法评估重复性?
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活跃会员论坛元老


发表于 2016.4.13 18:37:49 | 显示全部楼层
那的确是你样本重复性太差了。你看看RNA没有降解,看看随机曲线如何,有没有往3'端漂移。
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中华鲟

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发表于 2016.4.14 08:48:26 | 显示全部楼层
楼主,重复性用什么做啊?
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.4.14 13:43:12 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 18:37
那的确是你样本重复性太差了。你看看RNA没有降解,看看随机曲线如何,有没有往3'端漂移。 ...

感谢回复!怎么查看“随机曲线”?
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.4.14 13:43:44 | 显示全部楼层
dabaouc 发表于 2016.4.14 08:48
楼主,重复性用什么做啊?

利用R语言进行Pearson相关系数计算
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中华鲟

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发表于 2016.4.14 18:00:11 | 显示全部楼层
stoni 发表于 2016.4.14 13:43
利用R语言进行Pearson相关系数计算

哦哦  多谢多谢
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活跃会员论坛元老


发表于 2016.4.14 21:55:33 | 显示全部楼层
stoni 发表于 2016.4.14 13:43
感谢回复!怎么查看“随机曲线”?

就是将 每个基因的序列 从 5' 到 3'分为40份,然后统计各个区间的平均深度。应该所有公司的分析报告都有这张图。



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 楼主| 发表于 2016.4.15 13:24:59 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.14 21:55
就是将 每个基因的序列 从 5' 到 3'分为40份,然后统计各个区间的平均深度。应该所有公司的分析报告都有这 ...

多谢多谢,我没有看到过这张图
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发表于 2016.5.19 05:50:55 来自手机 | 显示全部楼层
这张图怎么看?马鞍型说明什么问题?
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帝王蝶

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发表于 2016.5.19 08:10:05 | 显示全部楼层
这个问题很有意义,我也对此有很多疑问,以往的转录组中我觉得pearson相关系数到0.8重复性就很好了,当然不同物种和不同实验处理下还是有差异的。诺禾告诉我重复性不好的组要删掉,我觉得这样挺浪费的,如果生物学重复不好,那就只能混样了。
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.5.19 14:34:13 | 显示全部楼层
vikinaruto86110 发表于 2016.5.19 08:10
这个问题很有意义,我也对此有很多疑问,以往的转录组中我觉得pearson相关系数到0.8重复性就很好了,当然不 ...

谢谢您的评价。诺禾这样说,是推卸负责任的表现。他们怎么不评估测序污染的可能性呢?如果重复的样品本来不多,删除部分样品,不仅是浪费,而且会影响后续分析。事实上,绝大多数转录组测序项目都不会做很多生物学重复。既然做了生物学重复,那么重复性评价就应该做出来。要不然,事先就不必做重复了,直接混养测,还可以减少建库和测序成本。
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帝王蝶

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发表于 2016.5.20 10:57:26 | 显示全部楼层
stoni 发表于 2016.5.19 14:34
谢谢您的评价。诺禾这样说,是推卸负责任的表现。他们怎么不评估测序污染的可能性呢?如果重复的样品本来 ...

恩,很有道理,以后需要多注意了,混样也许是不错的选择。
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