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[转录组] 转录组测序出来两组样品之间的差异基因太少,该怎么处理

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    发表于 2016.4.11 18:07:48 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    通过RNA-seq测序,每个样品都设有三次生物学重复,且相关系数都大于0.8,我们选择的标准时FDR阀值为小于0.05,但是差异基因只有几十个。因为我的样品的表型差异是很明显的,请教各位大神都是怎么来处理这样的数据的?有人建议剔除相关系数最小的样品,保留相关系数最高的两个样品(ps:这些相关系数都是大于0.85的)?请问这样做合理吗?
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    发表于 2016.4.11 19:10:24 | 显示全部楼层
    本帖最后由 yuzhe891 于 2016.4.11 19:13 编辑

    我觉得,差异基因少不一定是坏事吧,不能因噎废食吧,可以直接先看看其中的基因有没有你想要的啊,说不定就有呢,基因少还好看呢。

    基因少了,聚类什么的的确不好做了。但是个人觉得,聚类,也只是为了找个通路讲故事什么的,里面的真相还是说不清道不明的。所以,要是为了发文章的话,为了基因多点,什么破格条件都是可以设置试试的~~
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     楼主| 发表于 2016.4.12 08:50:48 | 显示全部楼层
    yuzhe891 发表于 2016.4.11 19:10
    我觉得,差异基因少不一定是坏事吧,不能因噎废食吧,可以直接先看看其中的基因有没有你想要的啊,说不定就 ...

    因为两个不同品种差异基因只有几十个,总感觉不正常
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    发表于 2016.4.12 09:11:50 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.4.12 08:50
    因为两个不同品种差异基因只有几十个,总感觉不正常

    可能还是个体差异比较大导致的,差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看,你想要的基因有没有增加。
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     楼主| 发表于 2016.4.13 10:16:19 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.12 09:11
    可能还是个体差异比较大导致的,差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看,你想要 ...

    已经将FDR阀值提高到0.05了,周老师会不会是有些基因的FPKM值太高(10000以上),导致差异基因减少了呢
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    发表于 2016.4.13 14:39:11 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.4.13 10:16
    已经将FDR阀值提高到0.05了,周老师会不会是有些基因的FPKM值太高(10000以上),导致差异基因减少了呢 ...

    阈值可以再提高一些,试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不够好,或实验效应不够强。
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    发表于 2016.4.14 19:32:21 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 14:39
    阈值可以再提高一些,试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不 ...

    周老师,提高阈值的话是不是一般只提高FPKM?是不是一般都不管P value?我的表达谱结果也不是很好,正好再考虑这个问题,所以特地请教一下。如果差异基因不多的话,Foldchange一般都怎么设置呢?谢谢!
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    发表于 2016.4.14 19:35:29 | 显示全部楼层
    可以不用考虑FDR,只参考p_value值,看看结果如何
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    发表于 2016.4.26 21:17:26 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 14:39
    阈值可以再提高一些,试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不 ...

    周老师周老师,我的差异基因里面自己想要的很少。然后直接不考虑FDR了,FC降为1.5,然后多了那么几个,不知道那样子行不行。
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    发表于 2016.4.26 21:18:50 | 显示全部楼层
    我的也很少,降低了标准为,FC 1.5 p-value 0.05,不考虑FDR,最后挑选出来的进行qPCR验证,不知道可以不可以。
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     楼主| 发表于 2016.4.27 21:34:37 | 显示全部楼层
    liaoting19 发表于 2016.4.26 21:18
    我的也很少,降低了标准为,FC 1.5 p-value 0.05,不考虑FDR,最后挑选出来的进行qPCR验证,不知道可以不可 ...

    我的数据还在处理当中,个人觉得如果qPCR结果符合的话应该是可以的
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    2016.9.20 09:12
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    发表于 2016.4.28 07:54:46 | 显示全部楼层
    峭涯 发表于 2016.4.27 21:34
    我的数据还在处理当中,个人觉得如果qPCR结果符合的话应该是可以的

    希望大家都有好结果
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    发表于 2016.4.29 00:11:01 | 显示全部楼层
    liaoting19 发表于 2016.4.26 21:17
    周老师周老师,我的差异基因里面自己想要的很少。然后直接不考虑FDR了,FC降为1.5,然后多了那么几个,不 ...

    关键是你Qpcr可以验证处出来,那么都好说。
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