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Omicshare云平台的第48个分析工具上线啦!

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    发表于 2018.5.9 09:53:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在微生物群落研究中,我们往往关心最多的是群落之间的结构差异,例如物种差异、多样性差异等等。这种研究,更多是结果导向,也就是关心处理后的结果到底是什么情况。
    实际上,一个完整的研究,或者说把影响结果研究完毕之后,同时也需要知道造成差异的原因是什么。例如需要解决“这些结构差异(例如物种差异)是由什么因素影响的?” “这些因素的影响程度有多大?”等问题。

    环境因子研究就是这一大类“原因研究”的分析内容,其中CCA和RDA分析是最为典型的代表。通过CCA/RDA分析,我们可以获得环境因子、样本以及物种之间的关系,从而解决造成物种演化更替的原因,药物处理效应大小等实际问题。

    CCA/RDA分析的工具有很多,例如CANOCO软件,或者R语言等。其中,CANOCO软件实用方便,操作简单,但它是个收费软件;而R等工具虽然开源免费,但需要学习一定的编程语言,对一般的科研人员来说,难度较大。

    今天,Omicshare的云平台新增加了CCA/RDA工具,工具免费,希望能满足广大微生物研究者做环境因子分析的需求。下面我们就介绍一下这款工具如何操作。

    1 登录云平台

    登录Omicshare云平台www.omicshare.com/tools,在“所有软件”中找到CCA/RDA分析


    图1. CCA/RDA工具位置展示

    2 输入文件的准备
    点击图标进去之后,会跳转到操作界面。界面包括“数据输入”以及“作图参数”两部分。分析需要同时输入以下数据:OTU/物种丰度表格、环境因子列表以及分组文件。

    OUT/物种丰度表格与环境因子列表是必须要输入的文件,分组文件则为可选输入文件,这个只有在样本有分组的情况下才需要。这三种数据的格式可以通过点击“示例”查看。


    图2. 数据输入界面展示

    3作图参数操作

    为方便对图形进行修改,我们提供以下作图参数,每个参数的说明如下:


    图3. 作图参数界面

    分析类型:

    可以选择CCA分析 或者 RDA分析(注:结果中有DCA分析结果,可根据DCA结果进行分析类型筛选,选择标准为: DCA最大值大于4的时候,建议选择CCA模型;小于3,选择DCA模型;在3与4之间,两种模型都可选)

    是否显示物种名称:默认显示样本名称
    前几物种展示:默认该分类水平下丰度在前10的微生物作图
    图形名称:设定图形标题名称,暂不支持中文
    点的大小:图形点大小控制,默认为3,值越大点越大
    点透明度:图形点透明度控制,默认为0.7,可以填0-1的值
    自定义分组颜色(颜色的个数要和分组个数相等)设定分组颜色,所选择颜色数目应与分组数目一致。颜色选择可通过输入颜色编号或直接在颜色框中进行操作

    4 结果输出及解读

    基于示例文件进行分析,可输出以下结果,包括5个表格以及两个图形:

    ①  样本坐标表:
    记录了样本在各个维度上的位置

    ② 物种坐标表:
    记录了物种在各个维度上的位置

    ③ 环境因子坐标:
    记录了环境因子在各个维度上的位置

    ④ DCA结果表:
    记录了DCA分析结果。如果length ofgradient 中梯度最大的值(第一个数值)大于4,则推荐选择CCA分析;如果在3.0-4.0之间,可选择RDA和CCA分析;如果小于3.0, 则推荐RDA分析

    ⑤ 环境因子相关性表:
    前两列表示环境因子箭头与排序轴夹角余弦值,表示环境因素与排序轴相关性。结果图包括含有物种名称以及不含物种名称的png(位图)和pdf(矢量图)文件:


    CCA结果图展示

    Tips:这已经是OmicShare云平台推出的第48个分析工具啦,OmicShare云平台旨在为广大科研工作者提供一个不需编程也可进行数据分析和可视化的平台,截至3月29日,使用OmicShare工具发表的SCI文章已累计达到60多篇。另外,本周也会上线《微生物研究宝典》的线上购买通道,敬请期待!

             






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  • TA的每日心情
    好棒
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    发表于 2018.5.9 22:38:13 | 显示全部楼层
    威武。。。。。。。。。。。。。。。。。
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2018.5.10 11:44:43 | 显示全部楼层
    shmilying 发表于 2018.5.9 22:38
    威武。。。。。。。。。。。。。。。。。

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