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[lncRNA] IGV中如何同时显示正负链的比对结果

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  • TA的每日心情

    2016.6.22 10:51
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    发表于 2016.4.10 17:49:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    我在用IGV进行可视化的时候,导入bam后每个样品只能显示一条链的信息,如何能让一个样品的正负链同时显示出来呢?谢谢!
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.4.11 02:05:01 | 显示全部楼层
    bam文件导入后,
    (1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired strand”
    (2) 然后 “color alignment by ” →  “first in paired strand”

    效果图如下:


    by the way, TDF文件 如果使用IGV转化 无法按照链特异显示。你必须用其他软件,例如 genomeview的1个插件 来 将sam/bam转化为TDF,然后可以使用 genomeview 按照链特异显示。


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  • TA的每日心情

    2016.6.22 10:51
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     楼主| 发表于 2016.4.11 09:14:56 | 显示全部楼层
    多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负链2个,请问一下如何得到这样的bed文件呢?是从一个bam里面分开的,还是有什么其他方法?谢谢!
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.4.11 16:11:21 | 显示全部楼层
    zlbiochem 发表于 2016.4.11 09:14
    多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负 ...

    如果区分正负链,建议使用 IGV格式(是文件格式,不是软件)。 IGV官方网站有这个格式的说明,这个文件上为负值的部分,自然被显示为负链。
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  • TA的每日心情

    2018.1.25 14:41
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    发表于 2016.4.11 16:52:11 | 显示全部楼层
    不错不错,学习了
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  • TA的每日心情
    yes!
    3 天前
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    发表于 2016.4.12 08:42:19 | 显示全部楼层
    路过,随便学习一下
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  • TA的每日心情

    2016.7.27 17:23
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    发表于 2016.4.12 15:08:01 | 显示全部楼层
    周老师的回答还精辟啊
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  • TA的每日心情

    2016.12.4 13:45
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    [LV.1]初来乍到

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    发表于 2017.2.10 09:20:51 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.11 02:05
    bam文件导入后,
    (1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired stran ...

    请问老师,对IGV的版本有要求吗?我的为啥没看到相关选项呢?
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